| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 93,024 | T→G | 7.7% | E190D (GAA→GAC) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,024 | 0 | T | G | 7.7% | 1030.9 / 52.4 | 309 | E190D (GAA→GAC) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (146/139); new base G (10/14); total (156/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CCGACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTA > NC_002947/92875‑93173 | ccgACGCAGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCt > 1:1013170/1‑150 (MQ=255) ggCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGtt < 2:3721832/150‑1 (MQ=255) gCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTg < 1:6982039/150‑1 (MQ=255) 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gCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCa < 2:6334930/150‑1 (MQ=255) tCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCa > 1:7392646/1‑150 (MQ=255) gCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCa < 1:6496077/150‑1 (MQ=255) gCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTc < 2:2825581/150‑1 (MQ=255) gCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTc < 2:7389743/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |