| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 543,071 | G→A | 10.7% | A436A (GCG→GCA) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 543,071 | 0 | G | A | 10.7% | 945.2 / 76.7 | 337 | A436A (GCG→GCA) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (160/140); new base A (19/17); total (180/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TGCGTGGTCTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTC > NC_002947/542923‑543220 | cGTGGTCTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGttt < 2:7365516/150‑1 (MQ=255) gTGGTCTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTg < 2:1514268/150‑1 (MQ=255) gTCTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAAc > 1:8960063/1‑150 (MQ=255) cTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAAccc < 2:6271806/150‑1 (MQ=255) cTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAAccc < 2:6885201/150‑1 (MQ=255) cTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAAccc < 2:1672002/150‑1 (MQ=255) gACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACt > 2:8367025/1‑150 (MQ=255) gACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACt > 2:4647927/1‑150 (MQ=255) caccaTCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGAt > 2:6517424/1‑150 (MQ=255) accaTCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATc > 1:8049254/1‑150 (MQ=255) caTCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGa > 2:6019954/1‑150 (MQ=255) aTCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGaa > 2:7266311/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAg > 1:196555/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAg > 2:8165478/1‑150 (MQ=255) cTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAgg < 1:7101180/150‑1 (MQ=255) tGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGc < 2:7581910/150‑1 (MQ=255) ccAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGt > 1:5379549/1‑130 (MQ=255) cAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTAt > 1:7595586/1‑150 (MQ=255) 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tcAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCtgat > 2:7107107/2‑150 (MQ=255) tcAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCtgat > 2:1770340/2‑150 (MQ=255) cAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtgatg > 2:3606216/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtgatg > 2:129036/1‑150 (MQ=255) aGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCtgatga < 2:2219182/150‑1 (MQ=255) gTTTGAACCCGTACTGATCGAAGCTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTc < 1:3385580/150‑1 (MQ=255) | TGCGTGGTCTGGCGACCACCATCAAGGCTGCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTC > NC_002947/542923‑543220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |