| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 543,101 | T→C | 12.1% | A446A (GCT→GCC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 543,101 | 0 | T | C | 12.1% | 954.1 / 91.3 | 347 | A446A (GCT→GCC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (167/137); new base C (21/21); total (189/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
GCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGG > NC_002947/542952‑543250 | aagaagATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTAtt > 2:8401352/1‑150 (MQ=255) aagaagATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTAtt > 2:8720096/1‑150 (MQ=255) aagaagATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTACTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTAtt > 1:3274512/1‑150 (MQ=255) aagaTGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAg > 1:2365866/1‑150 (MQ=255) gaTGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCt > 2:6534426/1‑150 (MQ=255) cctgcgcGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCAccc > 2:7500543/4‑150 (MQ=255) gAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCg > 2:6997459/1‑150 (MQ=255) gAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTGTGAACCCGTACTGATCGAAGGTACGGCTATTCAGCTGCACCCg > 2:5338609/1‑150 (MQ=255) gAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCCCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGATGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCg > 2:1235249/1‑150 (MQ=255) aGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCACAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGc < 2:2599108/150‑1 (MQ=255) cgcgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTg < 1:4262033/150‑1 (MQ=255) cgcgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTg < 1:8540229/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCtgt < 1:7934676/150‑1 (MQ=255) 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ccGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACcaaca > 1:3165356/1‑150 (MQ=255) acgcTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCTGATGATGTCGACCagcaac > 1:2669110/4‑150 (MQ=255) cTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATc < 1:8165478/150‑1 (MQ=255) cTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATc < 2:1022023/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGt < 2:7267715/120‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTg > 1:4080537/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACACCATCCTGt < 1:6701418/150‑1 (MQ=255) tCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGt < 1:5200165/150‑1 (MQ=255) cGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTc < 1:4647927/150‑1 (MQ=255) aaGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCgc < 2:8960063/150‑1 (MQ=255) aGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCgcc < 1:958583/150‑1 (MQ=255) ggTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGc > 1:5984654/1‑103 (MQ=255) ggTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGc < 2:5984654/103‑1 (MQ=255) ggTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCgcca < 1:7978853/150‑1 (MQ=255) ggCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACACCGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCaa > 2:2214425/1‑150 (MQ=255) | GCCAAGAAGATGGTCGAGCGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGG > NC_002947/542952‑543250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |