| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 543,119 | G→C | 12.6% | L452L (CTG→CTC) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 543,119 | 0 | G | C | 12.6% | 1046.1 / 117.7 | 348 | L452L (CTG→CTC) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (172/132); new base C (23/21); total (195/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
CGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTC > NC_002947/542970‑543267 | cgcgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTg < 2:4849212/150‑1 (MQ=255)cgcgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTg < 1:9161559/150‑1 (MQ=255)cgcgAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTg < 1:4262033/150‑1 (MQ=255) gCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCtg < 2:2233103/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCtgt < 1:1611992/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCGGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCtgt < 2:6266645/150‑1 (MQ=255) agagGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGtgctgc < 1:8621464/150‑1 (MQ=255) agGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGt < 1:4023249/150‑1 (MQ=255) gggACGTTCTCGCTGAGGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACg > 1:1994994/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGAc < 1:1783607/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGAc < 1:5977403/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGAc > 2:8751544/1‑150 (MQ=255) gAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGt > 1:226261/1‑150 (MQ=255) 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gCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAAc > 1:8911098/1‑150 (MQ=255) ttCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTg > 2:1685296/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGa < 1:6517424/150‑1 (MQ=255) aGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGc > 1:5054690/1‑150 (MQ=255) gCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGcc > 1:3693203/1‑150 (MQ=255) 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gCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGt > 2:6742537/1‑150 (MQ=255) | CGCGAGCTGCCAGAGGTGTGGGACGTTCTCGCTGAAGTGATTCGCGAACACCCCGTACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTC > NC_002947/542970‑543267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |