| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 543,173 | G→T | 14.0% | V470V (GTG→GTT) | rpoC → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 543,173 | 0 | G | T | 14.0% | 1111.5 / 144.5 | 385 | V470V (GTG→GTT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (184/146); new base T (28/26); total (213/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
TACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGCCATCAATG > NC_002947/543025‑543321 | cTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTg > 1:6103037/1‑150 (MQ=255) tgaaCCGTGCGCCTACGCTGCACCGTCTTGGTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTgt > 1:4675071/3‑149 (MQ=255) tgaaCCGCGCGCCTACGCTGCACCGTCTTGGTATCCAGGCCTTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCTATCCAGCTGCATCCGCTCGTTTGTACGGCGTTCAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCGCTgt > 1:4447194/3‑149 (MQ=255) tCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGa > 2:5723498/1‑150 (MQ=255) gaaCCGTGCGCCTACGCTGCACCGTCTTGGTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTgtc < 2:3439542/149‑3 (MQ=255) aaCCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGGTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGAcc > 1:8830889/1‑150 (MQ=255) aCCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGAccc < 1:1218200/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGAccc < 2:5134325/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACGGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGAccc > 2:1559720/1‑150 (MQ=255) ccGTGCGCCTACGCTGCACCGTCTTGGTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTgtcgct < 2:7749996/150‑6 (MQ=255) ccGTGCGCCTACGCTGCACCGTCTTGGTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTgtcgct > 1:676563/1‑145 (MQ=255) cGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTg < 2:1750915/150‑1 (MQ=255) gTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTgg < 1:363714/150‑1 (MQ=255) aCCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGc > 1:2454228/1‑150 (MQ=255) aCCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCAAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGTCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGACGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGc > 2:3905513/1‑150 (MQ=255) cGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGccc > 1:7578155/1‑150 (MQ=255) cGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGccc < 2:5497512/150‑1 (MQ=255) tacgctgcACCGTCTTGGTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCa > 2:8787265/8‑150 (MQ=255) gACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCa < 2:7062119/150‑1 (MQ=255) gACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCa > 2:6775351/1‑150 (MQ=255) ttCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCg > 2:8546242/1‑150 (MQ=255) tCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGa > 1:7115275/1‑150 (MQ=255) tCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGa > 1:3616030/1‑150 (MQ=255) tCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGa > 2:3726177/1‑150 (MQ=255) cACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGaa < 2:2365866/150‑1 (MQ=255) cACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGaa < 1:1339466/150‑1 (MQ=255) cACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGaa < 2:8665853/150‑1 (MQ=255) aCCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAg > 2:4323448/1‑150 (MQ=255) ggTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGcacgcgtg > 2:5957144/1‑146 (MQ=255) ggTATTCAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGcacgcgtg > 2:3553668/1‑146 (MQ=255) gTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTgcgc < 2:730967/150‑1 (MQ=255) ttcAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCtga > 2:7673250/3‑150 (MQ=255) tCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtga < 1:4635372/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTAGTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtga < 2:7187246/150‑1 (MQ=255) tcAGGCATTCGAACCCACGCTGATCGAAGGCAAGGCCATTCAGCTGCATCCGCTCGTCTGTACAGCGTTCAACGCTGACTTCGACGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTTCCTCTGTCGCTTGAAGCTCAGCTTGAAGCACGCGTGCtgat > 2:7107107/2‑150 (MQ=255) ccAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCTACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtgat < 2:8917895/150‑1 (MQ=255) cAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtgatg > 2:1207448/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGAACCCGCTGGTCTTAGCAGCGAACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCtgatg > 2:7831352/1‑150 (MQ=255) 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tACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAacaaca > 1:737628/1‑150 (MQ=255) cTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATc < 2:9021/150‑1 (MQ=255) cTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATc < 2:1022023/150‑1 (MQ=255) cTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATc < 1:8373566/150‑1 (MQ=255) gATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCt > 2:8339943/1‑150 (MQ=255) 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ttCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTg < 2:660214/150‑1 (MQ=255) ttCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTg > 1:6316377/1‑150 (MQ=255) gACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGtac > 2:3159015/1‑150 (MQ=255) gACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGtac > 1:6667344/1‑150 (MQ=255) gACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGtac < 2:4693311/150‑1 (MQ=255) 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gCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGaa < 1:7266311/150‑1 (MQ=255) ccGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAg < 2:2127939/150‑1 (MQ=255) cGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGc > 1:581170/1‑150 (MQ=255) cGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGc < 1:8458124/150‑1 (MQ=255) ttCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGCCa < 2:626676/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGCCATCAATg < 1:7746309/150‑1 (MQ=255) | TACTGCTCAACCGTGCACCGACCCTTCACCGTCTGGGTATCCAGGCGTTTGAACCCGTACTGATCGAAGGTAAGGCTATTCAGCTGCACCCGCTGGTCTGTGCTGCGTACAACGCCGACTTCGACGGTGACCAGATGGCCGTTCACGTGCCGCTGACCCTGGAAGCCCAGCTCGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCGACCAACAACATCCTGTCGCCAGCCAACGGTGAGCCAATCATCGTTCCGTCGCAGGACGTTGTACTGGGTCTGTACTACATGACCCGGGAAGCCATCAATG > NC_002947/543025‑543321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |