| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,030 | G→A | 7.3% | N188N (AAC→AAT) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,030 | 0 | G | A | 7.3% | 962.8 / 43.5 | 315 | N188N (AAC→AAT) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (152/140); new base A (9/14); total (161/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
AGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCAC > NC_002947/92882‑93179 | aGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTGTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTGTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGGGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCGACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGt > 2:6702618/1‑150 (MQ=255)aGGCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGt < 2:4578985/150‑1 (MQ=255) ggCAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGtt < 2:3722282/150‑1 (MQ=255) 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cAACCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTgg > 1:8502233/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCCCGGTGCGCTTTCCCGATGAACGACTGCACGACCCGCCCCAGGGCGGGGTACGGGTGTGGCCCACCCCCGGTCCCGAGCAGGTCGAAGGTGGCTACGACGTTgga > 1:4045667/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTaa > 1:2946270/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTTCCGATTATCGACTGGAAGACGCGCACCATGGAGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCAAGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTACGAAGTTGGTAAc > 2:4169759/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAAc < 2:2146489/150‑1 (MQ=255) aGGCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAAcc < 1:240661/150‑1 (MQ=255) gCTGTCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCa > 1:3472233/1‑150 (MQ=255) tCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCa > 1:7392646/1‑150 (MQ=255) tCTGGCAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCa > 1:5618624/1‑150 (MQ=255) cAGACGGCCTTCCTTCTCTTGCAACTGGGCACGGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAg < 1:8080140/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |