Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 648,294 | G→T | 6.8% | intergenic (+60/+31) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 648,294 | 0 | G | T | 6.8% | 744.0 / 27.2 | 226 | intergenic (+60/+31) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/130); new base T (7/9); total (87/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GATGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGA > NC_002947/648145‑648443 | gCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTATGGCAGGCAAAAAAAAACCCCGGCACA‑CGGcc > 2:2135938/1‑150 (MQ=255) cGGCACGGGCTTTGGGCATTTGGGGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCg < 1:3756499/150‑1 (MQ=255) ggCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCCCT‑GTGCCgg < 1:4695816/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCCCT‑GTGCCggg < 1:4822085/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCggg < 1:6360364/150‑1 (MQ=255) gCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACCTGCCGCGGAGGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTg < 2:5378690/150‑1 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCCCT‑GTGCCGGGGttttttatt < 2:1921819/150‑8 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGATTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTAc < 1:6506186/150‑1 (MQ=255) cATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATca < 1:596262/150‑1 (MQ=255) cATTGCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATca < 1:4038876/150‑1 (MQ=255) gcgGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTac < 1:2078797/150‑1 (MQ=255) cgGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCCACCCCGCCCCCGATTCTTGCAGGCAATAAAAAACACCCGCCCA‑CGGCCGGGGGTCGTGTACAAAACacaaca > 2:3875173/1‑150 (MQ=255) cGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGACGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGAt < 1:3348270/150‑1 (MQ=255) cGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGAt < 1:5143801/150‑1 (MQ=255) gACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGCCGCGGCCCCCCAATGAGGCCGGCCCAAAAAAAAACCCCCCCA‑GGGCCCGGGGTGTGGGacaacacacaacaccagc > 1:3725703/1‑146 (MQ=255) gACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCACAAAAAAAACCCCGCACC‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACCCAACACGaac > 2:5972367/1‑148 (MQ=255) tttATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGATGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTcc < 2:58426/150‑1 (MQ=255) tATCGGCGTGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTg < 1:2529745/150‑1 (MQ=255) 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gAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGcc < 2:8132164/150‑1 (MQ=255) tGCATGAGCACCGCATCGACCTGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGt < 2:6660272/150‑1 (MQ=255) gCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGtt < 2:7438148/150‑1 (MQ=255) cATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGttt < 2:5906196/150‑1 (MQ=255) aTGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTtg < 1:1746979/150‑1 (MQ=255) tGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTtgt < 1:8987579/150‑1 (MQ=255) tGAGCACCGAATCGAAATGCCGGGGATTATGGGTTAGAGCCCGGGGGCCGCGCGGCGGCACCAGATTCTGGCTGGCAATAAAAAAACCCGGGACA‑GGGCCGTGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCTCTCCTGGTTGGCCAGTTtgt < 1:1082943/150‑1 (MQ=255) cACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGGCGCGGCCCCAGATTGTGGCAGGCACTAAAAAAACCCCGCACACGGGCCGGGG‑TCTCGTACATCACACAAAACGATAACAACTGGGTTGCCAGGTTGTGCTc > 2:8804560/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGCGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGa < 1:2439367/150‑1 (MQ=255) gCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAgg < 2:1417455/150‑1 (MQ=255) tCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGCCGCCGCCCCCCATTATGGGAGGCCAAAAAAAAACCCCGCACC‑GGGGCGGGGGTCGGGTACCACACCCAAAACGATCACACCAGGGTGGGCAGGGTGTGGTCGCGGTAg > 2:7103462/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAAt < 1:1631981/150‑1 (MQ=255) aTGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAAt < 1:5996641/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTATGGCAGGCAAAAAAAAAACCCCGCACA‑GGGCCGGGGGTGTGGTAAATAACACAAAACCATCACACCGGGGTTGCCACGTTGTTCTCGAGGGAGTGaaag > 2:4517346/1‑148 (MQ=255) ccGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGtt < 2:4713177/150‑1 (MQ=255) ccGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGtt < 1:807289/150‑1 (MQ=255) ccGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGtt < 1:7594521/150‑1 (MQ=255) cgcgGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCAGCGGCCCCACAATCAGGCAGGAAATAAAAAAAACCCGCACA‑GGGCCGGGGTTCGGGTACATCACACAAAACGAACAAAACAGGTTGGGCAGGTTGTGGTCGAGGGAGGGAATGttt > 2:8882797/1‑149 (MQ=255) aTGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCCCGACGCCGCCCCACATTCTGGCCGGCCATAAAAAAACCCCGCCCC‑GGGCCGGGGGTGGGGTACATCACCCAAAACCAAAACACCAGGGTGGGCCCGTTGTGCTCGGGGGAGGGGAAGTTGGcgcc > 2:8535563/1‑150 (MQ=255) aTGAAGGGGGAGAGCCGTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGAcgcc < 1:70818/150‑1 (MQ=255) 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ccTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGcc > 2:6590526/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGcc < 1:4516244/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCt > 2:6457726/1‑150 (MQ=255) cTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCt < 2:1578154/150‑1 (MQ=255) tGGGGCCGCGTCGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCtt > 2:2462720/1‑150 (MQ=255) 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ggCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAgg > 1:9051752/1‑150 (MQ=255) ggCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAgg > 2:7661306/1‑150 (MQ=255) gCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGt > 2:7306562/1‑150 (MQ=255) ccccAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTc > 1:2724669/1‑150 (MQ=255) cccAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTcg > 2:5523657/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaCCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTc < 2:3725703/150‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTc < 1:6635893/150‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTc > 1:7472507/1‑150 (MQ=255) aaaaCCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCt < 1:1260236/150‑1 (MQ=255) gaaCCCCGGCCCT‑GTGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGGTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCtt > 2:1725401/2‑150 (MQ=255) 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cccGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGCTGGTCTTGATg > 1:4736559/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCT‑GTGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGc > 2:7793775/1‑150 (MQ=255) cGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGcc < 1:2135938/150‑1 (MQ=255) cGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGcc < 2:636898/150‑1 (MQ=255) cGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGcc > 1:5640676/1‑150 (MQ=255) 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GATGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCAGGCAATAAAAAACCCCGGCACA‑GGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGA > NC_002947/648145‑648443 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |