| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 93,082 | G→T | 14.5% | T171N (ACC→AAC) ‡ | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 93,082 | 0 | G | T | 14.5% | 887.9 / 105.4 | 309 | T171N (ACC→AAC) ‡ | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/131); new base T (21/25); total (153/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
GGGTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCGCGGCGACAGTGGCGGTGGCGACACCGTGCATG > NC_002947/92933‑93231 | gggTCTCTTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCgg > 1:6980396/1‑150 (MQ=255) ttcggtGCCGATCACCGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGcc > 1:7358289/6‑150 (MQ=255) tcggtGCCGATCACCGACTGGAAATCGCGCACGAGTTCCGGATAAGGAGCAGGACCGGCCGCGGTGCCGATCAGGTAATAGGTGTCGTCAACATTGGTGACCCAATCACGAAGCGCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGcca < 2:2966285/146‑2 (MQ=255) ctTTGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcgg < 1:7202913/150‑1 (MQ=255) tttGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCCCGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCGTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTACGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggc > 1:6521341/1‑150 (MQ=255) tttGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggc > 1:6745159/1‑150 (MQ=255) tGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggcgg < 1:5870745/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggcgg < 1:8483585/150‑1 (MQ=255) cGATGATCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTaa > 1:2931876/1‑150 (MQ=255) gatgatCGTCTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAAc > 1:2532900/1‑150 (MQ=255) gatgatCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAAc > 2:2450998/1‑150 (MQ=255) gatgatCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAAc > 2:8531740/1‑150 (MQ=255) atCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggcg > 2:4393921/1‑141 (MQ=255) atCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCcggcg < 1:4393970/141‑1 (MQ=255) tCGACTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCa < 1:2306862/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTTAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAt < 1:8072109/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAtctc < 2:2189995/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCGCACCATGGCGGGGTACGGGTGTGGGCCAGCCACGGTGCCGATCAGGTAGAAGGTGTCTTCGACGTTGGTAACCCAGTCACGCAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGAtctc > 2:5711098/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAgcg < 2:4951753/150‑1 (MQ=255) agcgCTTCGTTCATGGCGTCTTTGAGCGTGCCATTGCCAGCCGTTACCGGCTTTACTTCGGCACCCAGCAGCTTCATGCGGAAGACGTTTGGCTTCTGACGTTCAACGTCAGTGGCACCCATATAGACCACGCAAGGCAGGCCGAAacgg < 1:5423604/147‑2 (MQ=255) gggCTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAgcgcg < 2:4797187/150‑1 (MQ=255) cTTCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGTGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCgcgg < 2:7221731/150‑1 (MQ=255) ttCGTTCATGGCGTCTTTCAGGGTACCGGTGCCGGCGGTAACTGGCACGATCTCGGCGCCCAGCAGCTTCATGCGGAACACGTTCGCCTGCTGGCGCTCGATGTCGGTGGCACCCATGTAGATCACGCAAGGCAGGCCGAAGCGCgcggc < 2:5618624/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |