| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 655,070 | T→C | 5.2% | T426A (ACC→GCC) | PP_0563 ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 655,070 | 0 | T | C | 5.2% | 1173.1 / 30.1 | 360 | T426A (ACC→GCC) | PP_0563 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (180/161); new base C (13/6); total (193/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
CTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATCCAGCGCGGTATTGGGCA > NC_002947/654921‑655219 | aGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGt < 2:5853028/150‑1 (MQ=255) tATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGATGCACTGACCATGGCCAGTGCa < 1:7903135/150‑1 (MQ=255) aTGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCAt > 2:1761992/1‑150 (MQ=255) tgtgAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATc > 2:6331252/1‑150 (MQ=255) tgAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCa < 2:9010337/150‑1 (MQ=255) gAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAg > 2:3827431/1‑150 (MQ=255) aaaTGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGc > 2:534763/1‑150 (MQ=255) actccTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGccc < 1:4738979/147‑1 (MQ=255) 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ggggAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTc > 1:6794238/1‑150 (MQ=255) ggggAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTc > 1:4088626/1‑150 (MQ=255) gggAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTcc > 1:4662329/1‑150 (MQ=255) cGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGc < 1:7990408/150‑1 (MQ=255) gggCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGca < 1:6620626/150‑1 (MQ=255) 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tGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATCCAGCGCGGTATTgg < 2:1071701/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATCCAGCGCGGTATTGGGc > 2:4271487/1‑150 (MQ=255) | CTTGAGGTATGTGAAATGCCTGGGGAAGCGGGCGAGCCTGTGAAGAAGCCGGCACCGTGAGTGCGAATTTCAGGGCTCTACACGAACGACGCAATTGCGCCCTGCATGCTTGGCCCGGTACAGCGCCTCGTCCGCTGCACTGGCCATGGTCAGTGCATCCAGCCCCTCGTCCAGTTGCACCACCCCGGCACTGAAGGTGCACTGCAAATCCCGCGGCTGCGCCGGGTAGAGAATTTCGGCAAAGCGCCGGCGAATTTCGTCCAGCACCTTGTGTGCGGCATCCAGCGCGGTATTGGGCA > NC_002947/654921‑655219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |