Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 713,101 | C→T | 5.6% | I29I (ATC→ATT) ‡ | lspA → | lipoprotein signal peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 713,101 | 0 | C | T | 5.6% | 1016.2 / 29.1 | 320 | I29I (ATC→ATT) ‡ | lspA | lipoprotein signal peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (152/150); new base T (5/13); total (157/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TCGGCAGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTGGTT > NC_002947/712952‑713250 | tCGGCAGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATc < 2:823466/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTCACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATcta > 1:350456/1‑148 (MQ=255) cAGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGAcc < 1:2329150/150‑1 (MQ=255) aGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCa < 1:8109655/150‑1 (MQ=255) aGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCa < 1:6168329/150‑1 (MQ=255) aGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCa < 2:6571446/150‑1 (MQ=255) ccATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAgg < 2:2897499/150‑1 (MQ=255) ccATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAgg < 2:3035411/150‑1 (MQ=255) cATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCGATGACCAgga < 2:2386535/150‑2 (MQ=255) cATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑c < 1:8153487/150‑1 (MQ=255) cATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATCCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCGATGACCAgga < 2:1562066/150‑2 (MQ=255) aTCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑cc < 2:452084/150‑1 (MQ=255) tCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCGATGACCAggacc < 1:2048616/150‑4 (MQ=255) ggAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGGTGG‑CCTGGTCGATGACCAggaccagca < 2:3392770/150‑8 (MQ=255) aGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAg < 1:5111858/150‑1 (MQ=255) aCCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTg < 2:6249183/150‑1 (MQ=255) cccGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGt > 1:2507007/1‑150 (MQ=255) cccGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGt > 2:2482322/1‑150 (MQ=255) ccGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTa > 1:6365931/1‑150 (MQ=255) ccGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTa > 1:665563/1‑150 (MQ=255) ccGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTa > 1:5785084/1‑150 (MQ=255) cGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTAc < 2:9050760/150‑1 (MQ=255) cGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTAc < 2:6360098/150‑1 (MQ=255) ggAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACt > 1:6440992/1‑150 (MQ=255) aaaTCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGGTGG‑CCTGGTCGATGACCAGGACCAGCAAGCtcagccac < 2:3867818/150‑8 (MQ=37) aaTCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTca < 1:2983960/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTcaaca > 2:5883640/1‑150 (MQ=255) ggCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGc < 2:8047232/150‑1 (MQ=255) 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cGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGt < 1:993097/150‑1 (MQ=255) aCAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTAc < 1:5531409/150‑1 (MQ=255) aCAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTAc < 2:1345890/150‑1 (MQ=255) cAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTAcc < 2:2766740/150‑1 (MQ=255) aaCCTGACCGGCTCGGGTGTGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACca < 1:7603780/150‑1 (MQ=255) cTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACcagca < 2:6499454/150‑1 (MQ=255) cTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACcagca < 2:9133005/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATc < 1:593573/150‑1 (MQ=255) gCTCGGTTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTg < 1:3289760/150‑1 (MQ=255) gCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTg < 2:8495355/150‑1 (MQ=255) 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tgAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACg > 2:4829592/1‑150 (MQ=255) caGCTTGGTGG‑CCTGGTCGATGACCAGGACCAGCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACgg > 2:4299065/2‑150 (MQ=38) aGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGa > 1:8735863/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGc < 1:379995/150‑1 (MQ=255) tggtcctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCggggt > 2:8602491/1‑148 (MQ=255) tggtcctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGtt > 1:3187553/1‑150 (MQ=255) ggtcctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTg < 2:5733178/150‑1 (MQ=255) cctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTacaac < 2:7959572/106‑1 (MQ=255) cctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCa > 1:7862774/1‑150 (MQ=255) cctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCa > 2:3807487/1‑150 (MQ=255) cctggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCa < 2:7034340/150‑1 (MQ=255) tggtcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCTACTACGCCCTGACCATGTACCAGCTGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGTTGCCGCGTTCTGCTTCCTGGCTGACGGTGCGGGTTGGCAgc < 2:4182956/150‑1 (MQ=255) tcATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCt > 1:7712168/1‑150 (MQ=255) cATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTg < 1:4696982/150‑1 (MQ=255) aTCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTgg > 1:1499166/1‑150 (MQ=255) tCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTGgt > 2:746622/1‑150 (MQ=255) cGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTGgtt < 2:3428237/150‑1 (MQ=255) | TCGGCAGCCATCCGGAGCACCCGGAAATCTGCGGCCGTTGCGTCGACAACCTGACCGGCTCGGGTGAGGTGCGCCACTATGCCTAACCCTGCAGCGGGGCGCTTCGGGCGCCTTGCATGGCTGTGGCTGAGCTTGCTGGTCCTGGTCATCGACCAGG‑CCACCAAGCTGTACTTCAACAACGCCCTGACCATGTACCAGCAGATCGTGGTCATTCCTGACTACTTCAGCTGGACCCTGGCTTACAACACCGGTGCCGCGTTCAGCTTCCTGGCTGACGGAGCGGGTTGGCAGCGCTGGTT > NC_002947/712952‑713250 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |