| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 718,461 | T→A | 12.2% | intergenic (+28/+49) | thiO → / ← PP_0613 | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase/amidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 718,461 | 0 | T | A | 12.2% | 422.6 / 5.2 | 200 | intergenic (+28/+49) | thiO/PP_0613 | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase/amidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/102); new base A (23/3); total (89/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.61e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GGCATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGCCACCA > NC_002947/718312‑718610 | cATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:5564244/1‑150 (MQ=255) cATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:7331874/150‑1 (MQ=255) cATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:4240136/150‑1 (MQ=255) 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gTAAACCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAg > 1:6669456/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAg < 2:1247346/150‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAgc > 2:5917558/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAgcg > 2:3161470/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGcc > 1:3671652/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGcc > 1:8638633/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 2:1826263/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 2:3497239/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 1:1470972/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGC‑GCCAATACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 1:7814613/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTc > 2:8480302/1‑104 (MQ=255) ccGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTc < 1:8480302/104‑1 (MQ=255) gCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGc > 2:1630684/1‑150 (MQ=255) tCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAAAACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGcca > 2:3393500/1‑150 (MQ=255) ccTCCGCGCGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGccac < 2:1047536/150‑1 (MQ=255) tACGCGAGC‑GGGTTTACCCTCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATATCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATCATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGccacca > 2:6264855/1‑150 (MQ=255) tACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGccacca > 1:1519550/1‑150 (MQ=255) | GGCATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACGCGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGCTTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGCCACCA > NC_002947/718312‑718610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |