Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 798,667 | T→G | 9.3% | intergenic (+19/+8) | fklB‑I → / ← PP_0685 | FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 798,667 | 0 | T | G | 9.3% | 751.8 / 39.8 | 281 | intergenic (+19/+8) | fklB‑I/PP_0685 | FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/118); new base G (4/25); total (138/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TGATGAACGCTGGCAGCAAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGCAGTTCGTC > NC_002947/798521‑798815 | tgatgaACGCTGGCAGCAAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGcc < 1:7927133/150‑1 (MQ=255) atgaACGCTGGCAGCAAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCgg > 1:534643/1‑150 (MQ=255) tgaACGCTGGCAGCAAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGc < 2:3853755/150‑1 (MQ=255) 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cagcaAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCa < 2:7591923/150‑1 (MQ=255) agcaAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAg > 2:8509484/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGt > 1:6166815/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTccc < 2:9011243/150‑1 (MQ=255) cTGTAGGTGCCAAGCGAGGTGGCTTACGGCGCCCAAGGGGTTGGCAGCATCCCGCCGAACCGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGCGCTGCTCGACGTTCTGTATTGCCCTGGAGGCCGGCCCGGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCa < 1:580774/150‑1 (MQ=255) 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1:407943/1‑150 (MQ=255) gAGGCCGGCAGGGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGtt > 1:7547129/1‑108 (MQ=255) aGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACg < 2:4241088/150‑1 (MQ=255) ggccggccCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGc > 1:8066919/1‑150 (MQ=255) ggccggccCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGc > 1:6520193/1‑150 (MQ=255) gccggccCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGCa < 1:7807386/150‑1 (MQ=255) 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cTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGCAGTtcgtc < 2:2902033/150‑1 (MQ=255) | TGATGAACGCTGGCAGCAAATGGCGCCTGTACGTGCCAAGCGAGCTGGCTTACGGCGCCCAAGGCGTTGGCAGCATCCCGCCGCACAGCGTTCTGGTGTTCGACGTCGAGCTGCTCGACGTTCTGTAATGCCCTGGAGGCCGGCCCTGCCGGCCTCAATTCCAGTCTGTCCCCCCAGGGCGCAACGCCCGCGCATAGCAGAACAGAAACAGATTCCGTACCAGTTCCTTGAGCACCCCCGGTTCACTCGAATTCAGCCCGCTCATGTCCAGGTCACCCTGGTCACGCAGTTCGTC > NC_002947/798521‑798815 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |