| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 981,260 | C→G | 5.2% | P45R (CCC→CGC) | hscA → | DnaK‑like molecular chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 981,260 | 0 | C | G | 5.2% | 972.7 / 30.5 | 286 | P45R (CCC→CGC) | hscA | DnaK‑like molecular chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/126); new base G (12/3); total (157/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AGGTATTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTGATGGGGCGCGGCCTGGC > NC_002947/981111‑981407 | aGGTATTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGcc < 2:5094617/150‑1 (MQ=255) aTTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGAc < 1:4235837/150‑1 (MQ=255) aTTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGAc > 2:6053794/1‑150 (MQ=255) tCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGAcgc > 1:2396437/1‑150 (MQ=255) aGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGACTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGATGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACgcgc > 2:3067183/1‑150 (MQ=255) gATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCa > 1:8141696/1‑150 (MQ=255) aTAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAg < 1:1622291/150‑1 (MQ=255) tAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAgg < 2:708560/150‑1 (MQ=255) 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cTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTg > 2:6254272/1‑150 (MQ=255) tGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCCGGGTAACGTCATTCTGc > 1:194595/1‑150 (MQ=255) tGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGc > 1:549112/1‑150 (MQ=255) tGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGc > 2:8979582/1‑150 (MQ=255) cAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCg > 2:2315729/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |