| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 981,263 | A→T | 5.2% | D46V (GAC→GTC) | hscA → | DnaK‑like molecular chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 981,263 | 0 | A | T | 5.2% | 987.3 / 28.7 | 287 | D46V (GAC→GTC) | hscA | DnaK‑like molecular chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/126); new base T (12/3); total (158/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
ATTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTGATGGGGCGCGGCCTGGCCGACG > NC_002947/981115‑981412 | tCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGAcgc > 1:2396437/1‑150 (MQ=255) aTAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAg < 1:1622291/150‑1 (MQ=255) aTAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAg < 1:5638928/150‑1 (MQ=255) aTAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAg < 1:7740505/150‑1 (MQ=255) tAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAgg < 2:708560/150‑1 (MQ=255) tAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAgg < 2:2783/150‑1 (MQ=255) aaGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAggg < 1:9032426/150‑1 (MQ=255) aTGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAAc > 2:2976480/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCa > 1:416059/1‑150 (MQ=255) cgcAGCGGCCGTAGCGAGCCCCGGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGCCAAg < 1:1205187/150‑1 (MQ=255) gCGGCCGTAGCAAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGcc > 2:4492598/1‑150 (MQ=255) ggCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTg > 1:7869210/1‑150 (MQ=255) ggCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTg > 2:762332/1‑150 (MQ=255) 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cGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTGATGGGGCGCGGCCTGGCCGa > 2:4173166/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTGATGGGGCGCGGCCTGGCCGACg > 1:7685516/1‑150 (MQ=255) | ATTCAGATAAGCATGGCCCTACTGCAGATTGCCGAACCCGGTCAAAGCCCTCAGCCGCACCAGCGCCGCCTGGCGGTTGGAATCGACCTGGGTACCACCAACTCAATGGTCGCTGCACTGCGCAGCGGCCGTAGCGAGCCCCTGCCCGACGCGCAGGGTAACGTCATTCTGCCGTCCGCGGTGCGCTACCTCGAAGGGCGCAACGAAGTGGGGCAGGCCGCGCGTGATGCTGCCTCCAGCGACCCGTTGAACACCGTGCTGTCGGTCAAGCGCCTGATGGGGCGCGGCCTGGCCGACG > NC_002947/981115‑981412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |