Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,025,310 | A→T | 9.0% | intergenic (‑161/+68) | opdP ← / ← dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,025,310 | 0 | A | T | 9.0% | 613.2 / 13.8 | 237 | intergenic (‑161/+68) | opdP/dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (98/97); new base T (9/16); total (119/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTGG > NC_002947/1025161‑1025459 | ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa > 2:4567529/1‑150 (MQ=255) ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa < 2:1616676/150‑1 (MQ=255) ctttctttTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAg > 2:1433836/1‑150 (MQ=255) tttcttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTAGGGCGCAgt > 1:2874904/1‑150 (MQ=255) tcttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAgtgt < 1:5096419/150‑1 (MQ=255) cttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTc < 1:564642/150‑1 (MQ=255) ctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAAc < 1:796217/150‑1 (MQ=255) ctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCACCCACAGGTAGGGCGCAGTGTGCGAAc > 1:6881975/1‑150 (MQ=255) acaGTTACGGCCGCCCGTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCCGCGTCCCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAAc < 1:7215276/148‑1 (MQ=38) gTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTg < 1:2199730/150‑1 (MQ=255) ttATGGCCGGCCTTGTGGGGCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGGGAGGGGTGCGGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGGGTTGTGTTGGCGGTTGTGGCGTCTTCGCGGGCTAGCGCGCTCGCTCTGGTTGGGGGGTGTGTCGGagggagt > 2:7215276/1‑144 (MQ=255) ttATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCGCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCAGt > 1:8975666/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGATTCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCga < 2:4079241/150‑1 (MQ=255) ccggccTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGAt > 2:6790156/1‑150 (MQ=255) ccggccTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCGGTCGAGAt > 2:5857093/1‑150 (MQ=255) ccggccTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCGCAGGTAGGGCGCACTGTCCGAACCTGGCGAGAt > 1:8866159/1‑150 (MQ=255) cTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCtgt > 2:3501419/1‑150 (MQ=255) ttGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTg > 1:4672122‑M2/1‑149 (MQ=255) acaaggCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGACTCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCCCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTc > 2:7462257/5‑138 (MQ=255) acaaggCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCCCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTc < 1:7462257/134‑1 (MQ=255) gtgGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGGACCTGTCGAGATACTGTggg < 1:5250242‑M2/150‑4 (MQ=255) gtgGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCACCCGCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGCACCGGTCGAGATCCTGTtgg > 1:8087308/1‑150 (MQ=255) tttcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtactGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGCGGGAGCg > 1:7653861‑M1/78‑150 (MQ=255) gCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGGCAGCCCGCGCCCGCAGGTCGGGCGCAGTGTCCGACCCGGGCGCGCTCCGGTgggggcg < 1:591486‑M2/150‑8 (MQ=255) ttcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtactGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCgg > 1:3519960‑M1/77‑150 (MQ=255) ttcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtactGGCCTCGTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCCGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCgg > 2:5568093‑M1/77‑150 (MQ=255) ttcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtaccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCgg > 2:2347145‑M1/77‑150 (MQ=255) ttcccagttcaaggtcagcccgtttgggcgcaatgatttttccggtgtgagtgttgattaagcgttagccagtaccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCgg > 2:7897609‑M1/77‑150 (MQ=255) ccGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgg < 2:5859823‑M2/150‑9 (MQ=255) ccGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgg > 1:2049380‑M2/1‑142 (MQ=255) gggTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggc > 1:1365362‑M2/1‑140 (MQ=255) gATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgc > 2:9166772‑M2/1‑136 (MQ=255) gctgcGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTTGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgc > 1:5099311‑M2/1‑132 (MQ=255) tgcGGGGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGATTCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTCGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTgggagcgggcttgcccgcga > 2:6227028‑M2/1‑130 (MQ=255) ggtgcCCGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCATAATCGGGGCGTGGGGTGGGCCGTTCGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCCGGTCGGGCGCAGTGTCCGAACCTGGCGAGACCCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggc > 2:310159‑M2/3‑124 (MQ=255) ttGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGGGAGCCCCCTCCCGCAGGTAGGGCGCCGTGTCCGAACCTGTCGAGAAGCTGTgggagcgggcttgcccgcgaagaggcc < 1:677698‑M2/150‑28 (MQ=255) tGCCTGGGGTGCCGCGGGATCGCGGGGATTATTGGGGGGGTTTTTTTGGCGTTTGTGGCCTCTTCGCGGGAATGCCCGCTCCCTCCGGTCGGGCGCTGTGTCCGAACCTGTCGATATCCTGTGGGTGGGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCg < 2:2715239/150‑1 (MQ=255) cAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCCAGCCCCCGCCCGCCCGGAGGGGGCCCGGTGCGCAACAGGCGAGATACGGTGGGAGCCGGCGTGCCCCCGCCGAGGCCggga > 1:3412875/1‑148 (MQ=255) cAGGGGCGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCTCCCGCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCGGTCGAGATCCGGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTa > 2:3278607/1‑150 (MQ=38) aGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCCGTGTCCGAACCGGGCGAGATCCTGTGGGGGCGGGCTTGCCCGCGAAGCGGCCGGTAc > 2:7004820/1‑150 (MQ=38) gcgGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCtg > 2:345606/1‑108 (MQ=255) ggggATCGCGGGGCAGATGGGGGGCGTGGTGTGGGCCGTTCGGGCCTGTGCGCGGGCACCCCCGCCCCCTCTGGTCGGGCGCAGTGTCCCACCGTGTCGAGAGCCTGTGGTCGGGGGGTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGc < 2:7761823/149‑1 (MQ=255) gggATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGACGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCt < 2:7515048/150‑1 (MQ=255) gggAGCGCGGGGATGAAGCGGGGCGTTGTGTGGGCCTTGCGGGCCGCTGCGGGGGCACGCCCGCCCCCGCCGGTTGGGCGCTGTGACCGACCCGGGCGAGACCCTGGGGGAGGGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCt < 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aTCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCCGGTCGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTaa < 2:2186299/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCCAGCCCGCGCCCTCCGGTCGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGCGATCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATc < 2:5145333/150‑1 (MQ=39) cGGGCTGAAGGGGGGGGTTGTTTTGGCCGTTCTGCCCTCTTCGCGGGCACGCCGGCTTCCTCAGGTCGGGCGCAGTGTCCTAACCTGTCGAGATCGTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAac < 2:2616286/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCacac > 2:7385325/1‑150 (MQ=255) gTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAATCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCACTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCATAATCAACACACACACCGGaaaaa > 2:3954709/1‑150 (MQ=255) 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aGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCggctgg > 2:8942126/1‑150 (MQ=255) | CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTGG > NC_002947/1025161‑1025459 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |