Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,156,401 | G→A | 11.1% | intergenic (+98/‑118) | PP_1013 → / → yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,156,401 | 0 | G | A | 11.1% | 385.1 / 32.1 | 146 | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/56); new base A (12/4); total (86/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTT > NC_002947/1156254‑1156549 | ggggggggggggTGGGGGTGACCCTGTATGTGCGGGGGGGTATGGTTTGAGTTTTTGGGGGGCGTGTGGGGGCTTCTTCGCGGGTGACCCCGCGCCTACCCCGACCGCGTCAGTTTTGCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:5428434/150‑1 (MQ=255) gAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACGACGACCGCGTCAGGGTTGCGGGGGAGGGGCGGGTTCAGCCGCGAAGGGGccc > 1:3632310/1‑150 (MQ=255) ggggcTGGGGGTGACCCGGTAGCGGCCGCGGGGTATGGATGGCGTTTTTGGGGTGCGTGTGGGGGCTTCTGCGCGGGTGACCCCGCTCCTACAACGCCCGAGTCTGGTTTGCGTCTTAGGCGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca < 2:5788588/149‑1 (MQ=255) 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ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACATGTAcgt > 1:7262661‑M2/10‑150 (MQ=255) cgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgtg < 1:1851851‑M2/142‑1 (MQ=255) gcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGa > 1:6558772‑M2/8‑150 (MQ=255) gcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCAGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGa > 1:6558365‑M2/8‑150 (MQ=255) gaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAAc > 2:391943‑M2/6‑150 (MQ=255) gaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAAc > 2:4312002‑M2/6‑150 (MQ=255) aagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACa < 2:5220627‑M2/146‑1 (MQ=255) tggCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAAGCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCGGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt < 2:55078/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt < 2:7186920‑M2/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt > 2:2787589‑M2/2‑150 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAGGTGAACAGtt < 2:55013‑M2/149‑1 (MQ=255) | GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTT > NC_002947/1156254‑1156549 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |