Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,409,124 | A→T | 11.8% | intergenic (+62/‑213) | PP_1230 → / → nadA | hypothetical protein/quinolinate synthase iron‑sulfur cluster subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,409,124 | 0 | A | T | 11.8% | 518.5 / 8.7 | 206 | intergenic (+62/‑213) | PP_1230/nadA | hypothetical protein/quinolinate synthase iron‑sulfur cluster subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (128/37); new base T (4/18); total (136/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATCCGCGCCCGCAGAGGGCCGTGGCGGTCAACATGCCGTCCGGCACCCTTAG > NC_002947/1408975‑1409270 | ggTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTa < 1:8110401/150‑1 (MQ=255) ggTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTa < 1:2615155/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACCGTGGAg > 2:4295709/1‑150 (MQ=255) gTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAg < 2:7471990/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAg < 2:6559717/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAg < 1:3729633/150‑1 (MQ=255) tCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACGAGGATTTAACAGTGTAgg > 1:3350436/1‑150 (MQ=255) tCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAgg > 2:2003462/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑c < 1:8511177/150‑1 (MQ=255) gCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑cc < 1:4192328/150‑1 (MQ=255) gAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCcgc < 1:2375955/150‑1 (MQ=255) gAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCAAAGTGTAGGGGCGGGTTAA‑ccccc > 1:5866081/1‑148 (MQ=255) aaaTGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGaa > 1:5275843/1‑150 (MQ=255) 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agaaTTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGGGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACaa > 2:3479620/1‑150 (MQ=255) agaaTTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCGGGGGGCCCTGTCGCCGCTGGGGTGTTGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACaa < 2:8381339/150‑1 (MQ=255) gaaTTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGTACCCCCTCCTACCTGGATTTCACACTGTAGGGGCGGGGTGA‑CCCGCGAAGGGGCCCCcaccac > 1:7208721/1‑147 (MQ=255) gaaTTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGGTTTCACACTGGAGGGGCGGGTTCA‑CCCCCGCAGGGGCCCGCACCAg > 1:6287874/1‑150 (MQ=39) gaaTTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGGGGACACCCGACCACCAGGATTTCAAAGTGTTGGGGGGGGGTCA‑CCCCCGCAGGGGGCCGcaccac > 1:3017288/1‑147 (MQ=255) 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ccgggcgccgcTGGGGTGTTGGTTCCCCGTGTGGCGCCCTGTGGGGGGGTCACCCCGCTCCTCCGTGTTTTCCCCTGTTTGGGGGGGGGTACA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGt < 1:5094345/145‑1 (MQ=255) ccTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGt > 2:3692723/1‑150 (MQ=255) ccTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGGGGAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCGGTAGTAATCGCTGGATTGt > 2:7845135/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCTGGGGTGTGGTTTTCTCGTGGGGGGGCCTCTTCGGGGGTGACCCCGCTCCTCCGTGGTTTTCACTGT‑TTGGGGGGGGTTCACCCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGt < 2:1607180/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGt > 2:4470250/1‑150 (MQ=255) 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ctctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAAACCCGTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATACGCGCCCGCa > 2:2494858/1‑150 (MQ=255) tctTCACGGGTGAACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATCCGCGCCCGCag > 2:2352134/1‑150 (MQ=255) taggagcgGGTTCACCCGCTCCTACGAGGATTTCACAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATCCGCGCCCGCag > 2:132998/6‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGCACCCGCTCCTCCGAGGATTACCCAGTGTAGGGGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAACACCCCTTTAGTAATCGCTGGATGGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATCCGCGCCCGCagag < 1:3606490/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCGGATTTCACAGTGTTGGGGGGGGTTCA‑CCCGCGAAGGGGCCCGCACAAGCACTACAAAAACCCCTTTAGTAATCGCTGGATTGTCTGTAGCCTTCGGCCTCCGATAATAATCCGCGCCCGCAGAgg < 2:4521235/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |