| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,416,874 | T→A | 6.1% | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,416,874 | 0 | T | A | 6.1% | 716.9 / 25.8 | 222 | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (109/98); new base A (9/5); total (118/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GTGCTGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAA > NC_002947/1416726‑1417021 | tGCTGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTgg < 2:2012895/150‑1 (MQ=255) cTGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGgcg > 2:7095581/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGACCGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGgcgc > 2:904786/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGgcgc > 1:471125/1‑150 (MQ=255) gAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACTCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCgct < 2:3272881/150‑1 (MQ=255) cgcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCgctgct < 1:2141061/150‑1 (MQ=255) gcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc > 1:7442055/1‑150 (MQ=255) gcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc < 1:7730976/150‑1 (MQ=255) cTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCg < 1:8146576/150‑1 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCAGAAACCCCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCg < 1:6447471/150‑1 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 1:6997250/1‑150 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 1:3751902/1‑150 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCgg < 1:6510063/150‑1 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCCGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCAGAACGCCAGAGGAGACACGGTCATCCTCGTAGATTGCGCCTGAACCCTCC‑TTGAAACCGAGCGGCGCCAGGCGCTGCTCgg > 2:7624116/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg < 2:1446165/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg > 1:4606408/1‑150 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgggg > 2:342133/1‑150 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgggg < 2:7483857/150‑1 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgggg < 1:8520473/150‑1 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt < 1:2548191/150‑1 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt > 2:7630528/1‑150 (MQ=255) ggACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc > 1:443435/1‑150 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCt > 1:7927560/1‑150 (MQ=255) 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ccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagc > 2:8412264/1‑150 (MQ=255) tGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagctc > 2:2474043/1‑150 (MQ=255) gggCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagctca < 2:8941586/150‑1 (MQ=255) gCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagctcagc < 1:3014287/150‑1 (MQ=255) cTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGTTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCACTGA‑GTGAAACCGAGCGGAGACTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcagctcagct > 2:6154488/1‑150 (MQ=255) 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1:1912564/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTa > 1:4039026/1‑150 (MQ=255) tGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTAc > 1:4478603/1‑150 (MQ=255) cGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCAGGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCt > 2:8350809/1‑150 (MQ=255) ggCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTc < 2:8005354/150‑1 (MQ=255) ggCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTc < 2:6810364/150‑1 (MQ=255) 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GTGCTGAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGC‑GTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAA > NC_002947/1416726‑1417021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |