Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,880 | T→C | 6.5% | L41P (CTG→CCG) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,880 | 0 | T | C | 6.5% | 668.4 / 21.9 | 214 | L41P (CTG→CCG) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/92); new base C (8/6); total (116/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGG > NC_002947/1416731‑1417029 | gAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACTCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCgct < 2:3272881/150‑1 (MQ=255) cgcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCgctgct < 1:2141061/150‑1 (MQ=255) gcTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc > 1:7442055/1‑150 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 1:6465460/1‑150 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGAGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgg > 1:7714288/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggt < 1:8480190/150‑2 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCGTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg < 2:8916360/150‑1 (MQ=255) ttCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCgggg > 2:342133/1‑150 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt > 2:8440675/1‑150 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt < 1:2548191/150‑1 (MQ=255) ggACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc > 1:443224/1‑150 (MQ=255) ggACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc > 1:443569/1‑150 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttgcg > 2:8688751/1‑147 (MQ=255) 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cTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTcagtgcagt > 2:5956460/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTcagtgcagtg < 2:5962405/150‑1 (MQ=255) aCTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCAc < 2:8129464/150‑1 (MQ=255) cTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCAcc > 2:2730346/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCAccc > 2:1132890/1‑150 (MQ=255) 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cccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAg < 2:3814955/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 1:7322981/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 1:7745173/1‑150 (MQ=255) cGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTGCCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACt > 1:7256278/1‑150 (MQ=255) gTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACtt > 1:5940788/1‑150 (MQ=255) 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ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGcgcg > 2:5545115/1‑150 (MQ=255) gAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGc > 2:8010617/1‑150 (MQ=255) cggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATg < 1:1082097/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgcg > 1:8244587/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCa > 1:3638977/1‑150 (MQ=255) 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tgctCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTgg > 1:6879175/1‑150 (MQ=255) | GAGCGCTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGG > NC_002947/1416731‑1417029 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |