| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,534,921 | G→A | 12.7% | intergenic (+70/‑113) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,534,921 | 0 | G | A | 12.7% | 606.3 / 59.8 | 222 | intergenic (+70/‑113) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/84); new base A (10/18); total (120/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CCAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAC > NC_002947/1534773‑1535069 | cAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGt > 1:4828904/1‑150 (MQ=255) cAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGt > 2:7401317/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTAc > 1:5802993/1‑150 (MQ=255) 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aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg > 1:2931075/1‑150 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg < 1:4420880/150‑1 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg < 1:9059220/150‑1 (MQ=255) aagaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg > 1:5725363/1‑150 (MQ=255) agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcggc < 1:3001779/150‑1 (MQ=255) 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tttGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTaa > 2:1484865/1‑150 (MQ=255) ccTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGtt < 2:5769188/150‑1 (MQ=255) ccTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGtt > 2:1160593/1‑150 (MQ=255) tttCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttgg > 2:2684863/1‑150 (MQ=255) gCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTc > 2:1867737/1‑105 (MQ=255) gCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGgtggtctt > 2:5868316/1‑150 (MQ=255) gCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAGGGCTGttggtctt < 2:5114244/150‑1 (MQ=255) cAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttg > 1:5886992/1‑150 (MQ=255) aaCACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGACCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAAGGGCTGttggtcttgg < 2:8956640/150‑1 (MQ=255) cacaAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttggtc < 2:8546180/150‑1 (MQ=255) acaAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTATGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTcc > 2:4334073/1‑150 (MQ=255) acaAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTGTTTCGACATCAGCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCGGGTGGTCTTGGTcc > 2:6907061/1‑150 (MQ=255) acaAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTcc > 2:6023550/1‑150 (MQ=21) caAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCt > 2:4298704/1‑150 (MQ=18) aaGGCCGCCCCCACAAGGGTCGCGCCCGTTCATGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCtt > 2:2754418/1‑150 (MQ=18) aGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCttt < 2:8644501/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACCTCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGc > 1:550683/1‑150 (MQ=255) cGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTGTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGccc > 1:781858/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACCTCATCGTTTTGTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCa > 2:1658447/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCa > 2:2249882/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAcc > 2:3507636/1‑150 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGc < 1:4995393/150‑1 (MQ=255) | CCAGAAGCTGGGCCGCAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAC > NC_002947/1534773‑1535069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |