| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,620,390 | C→G | 5.4% | intergenic (‑114/‑87) | opdH ← / → tctD | tricarboxylate‑specific outer membrane porin/transcriptional regulator TctD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,620,390 | 0 | C | G | 5.4% | 1078.9 / 35.6 | 317 | intergenic (‑114/‑87) | opdH/tctD | tricarboxylate‑specific outer membrane porin/transcriptional regulator TctD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (155/145); new base G (9/8); total (164/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GTAGGCGCGAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCCGCGCCACCGCCCCACCCGAGCAGGGAGAATCCGATGCGTGTGCTACTGGTCGAAGACCACCTGCAACTGGCCGAAAGCGTGGCCCTGGCCTTGA > NC_002947/1620242‑1620537 | cgcgAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGaaa < 2:2293047/150‑1 (MQ=255) gAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGt > 1:6668247/1‑150 (MQ=255) gAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCACGCTGAAAGGt < 1:2884947/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |