Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,620,391 | G→C | 5.4% | intergenic (‑115/‑86) | opdH ← / → tctD | tricarboxylate‑specific outer membrane porin/transcriptional regulator TctD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,620,391 | 0 | G | C | 5.4% | 1066.8 / 35.7 | 315 | intergenic (‑115/‑86) | opdH/tctD | tricarboxylate‑specific outer membrane porin/transcriptional regulator TctD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (153/145); new base C (9/8); total (162/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
GTAGGCGCGAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCCGCGCCACCGCCCCACCCGAGCAGGGAGAATCCGATGCGTGTGCTACTGGTCGAAGACCACCTGCAACTGGCCGAAAGCGTGGCCCTGGCCTTGAAAA > NC_002947/1620242‑1620540 | gTAGGCGCGAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTAGTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCg > 2:620536/1‑150 (MQ=255) tAGGCGCGAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGt < 2:5408192/150‑1 (MQ=255) cgcgAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGaaa < 2:329011/150‑1 (MQ=255) cgcgAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGaaa < 2:4822811/150‑1 (MQ=255) cgcgAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGaaa < 1:9050378/150‑1 (MQ=255) gAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGt > 1:6668247/1‑150 (MQ=255) gAACGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCACGCTGAAAGGt < 1:2884947/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGtt < 1:5276058/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCACGCTGAAAGGtta < 2:5127375/150‑2 (MQ=255) aCGCCTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCACTAACCTTTCACGCTGAAAGGtta < 2:3731213/150‑2 (MQ=255) ccTGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTc > 1:6642414/1‑150 (MQ=255) tGCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCAc > 1:4398382/1‑150 (MQ=255) gCGGCTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCGTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACg > 2:8393522/1‑150 (MQ=255) cTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAggg < 2:7485417/150‑1 (MQ=255) cTGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAggg > 1:1904093/1‑150 (MQ=255) tGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAgggg > 1:2443270/1‑150 (MQ=255) tGCGATGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAgggg < 1:565818/150‑1 (MQ=255) aTGACAGCATCGTCGATGACTCCGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTc < 1:3744897/150‑1 (MQ=255) 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cGTTTATTGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTac > 2:8356700/1‑150 (MQ=255) tGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCcgc > 1:4587036/1‑150 (MQ=255) tGTTCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCcgc < 2:2345273/150‑1 (MQ=255) ttCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCCgcgc > 2:6129751/1‑150 (MQ=255) tCTTATTCGTTGCACCTTGCTGGTGCTTTTTTCGGCGCGAAGGGCGACCGTGGTGCGATGCTAGGCAACGAACCTTTCGCTAACCTTTCAGCGTGAAAGGTTTGTCACGAGGGGCTTCACAGGCGTGGTGACAGCGGTACACTCCGCGcc < 2:1584102/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |