| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,649,004 | T→A | 7.2% | intergenic (‑241/+55) | oprB‑II ← / ← PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,649,004 | 0 | T | A | 7.2% | 652.6 / 19.8 | 211 | intergenic (‑241/+55) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/118); new base A (12/6); total (87/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGG > NC_002947/1648857‑1649153 | tttCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCAt < 2:2632538/150‑1 (MQ=255) tttCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCAt > 2:2797406/1‑150 (MQ=255) ttCAGCTTGTGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACACATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATc < 2:636115/150‑1 (MQ=255) 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gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa < 2:8333818/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa < 1:1601712/150‑1 (MQ=255) ggTTCACCCGCGACTGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATc < 1:1325656/150‑1 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATc < 1:7630915/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGaa < 2:4813315/150‑1 (MQ=255) 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cccTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggt < 2:2722026/150‑1 (MQ=255) cccTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggt < 1:7985588/150‑1 (MQ=255) ccTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggtc > 1:288561/1‑150 (MQ=255) ccTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggtc > 2:873070/1‑150 (MQ=255) ccTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggtc < 1:630305/150‑1 (MQ=255) tACCTTCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGATTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTggtcgg < 1:6074132/150‑1 (MQ=255) | GCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGG > NC_002947/1648857‑1649153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |