| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 902,748 | G→A | 12.0% | R252W (CGG→TGG) | nadC ← | quinolinate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 902,748 | 0 | G | A | 12.0% | 89.4 / 3.9 | 34 | R252W (CGG→TGG) | nadC | quinolinate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/10); new base A (2/2); total (22/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
ACCGGCCAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCGCCAGCGGCCAGCGCCTG > NC_002947/902615‑902880 | aCCGGCCAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCa > 2:352462/1‑136 (MQ=255) ccAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGtg > 1:166591/1‑135 (MQ=255) ccAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGtc > 2:289060/1‑136 (MQ=255) ccAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGtc > 2:120985/1‑136 (MQ=255) ccAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCACAGGGtc > 2:366215/1‑136 (MQ=255) ccAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCACAGGGtc > 2:108132/1‑136 (MQ=255) cgcCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGtcgtttc < 2:120634/136‑1 (MQ=255) gCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCt > 1:182935/1‑136 (MQ=255) tCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTg < 2:567362/136‑1 (MQ=255) tCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTg < 2:457560/136‑1 (MQ=255) cacaGGCTCAGTCGCATCGACAGTTCAACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGGCGTTTCGTTTACCCCGCCGCTGGCGTCAAGTTTgt > 1:511399/1‑135 (MQ=255) aGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGTAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCtt < 1:345528/136‑1 (MQ=255) aGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCtt < 1:133687/136‑1 (MQ=255) ggCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATGCTTGGTCATGGCTCCTATTGAGATGTAGTCCAGCCCCGTGTCGGCAATGACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCttt < 1:543056/136‑1 (MQ=255) ggCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCACAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCttt < 1:366215/136‑1 (MQ=255) ggCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCACAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCttt < 1:108132/136‑1 (MQ=255) gACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATgc < 1:324830/136‑1 (MQ=255) gACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGACCGCGGTAATgc > 2:512682/1‑136 (MQ=255) tCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGGCTCGGCAAACACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTTCCCGCGGTAATGAGCACgg > 2:346361/1‑136 (MQ=255) cTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTcgcg > 2:201432/1‑136 (MQ=255) caTCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTc < 1:513814/136‑1 (MQ=255) caTCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCCCAGGGTCGATTCGTTGACCCCCCCGCGGGCTTCAAGTTTTGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCAatta > 2:265079/1‑135 (MQ=255) gTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTAAAATTTTGCTTTTCCCCCGGTAATTCGCACCGCTTAGCGCATTTAGTGCAGGc > 1:455004/1‑136 (MQ=255) ggCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGc < 1:166357/136‑1 (MQ=255) aCCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGCCCCCGCCGCTGGCATCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCATCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCacg > 2:473364/1‑136 (MQ=255) aCCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTTCCCGCGGTAATTCGCACCGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGcacc > 1:342898/1‑133 (MQ=255) aCCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCACGGTCGTATCGGTGACCCCCCCGCTGGCGTCAACTATGGCTATGCCCGCGCTTATGCGCACCGCGTCGCGCATGTGGTCCAGGCTCAGCacg > 1:78401/1‑136 (MQ=255) tCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCGAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGt > 2:505977/1‑136 (MQ=255) tctcGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCgccagc > 1:157388/1‑136 (MQ=255) tcGGCAATCACCCGCAGGGTTGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCgccagcgg < 1:352462/136‑1 (MQ=255) cGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCgccagcggc > 1:323356/1‑136 (MQ=255) cGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCAAGCATGATGATGTCCGCgccagcggc > 1:525471/1‑136 (MQ=255) cccGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCGCCAGCGGCCAGCGCCTg > 1:319049/1‑136 (MQ=255) cccGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCGCCAGCGGCCAGCGCCTg > 2:429838/1‑136 (MQ=255) | ACCGGCCAAGCGCCGGTTTTTTATTGCCTGCAATCAGCTCACAGGCTCAGTCGCATCGACAGGTCCACCGCTTTCACATCCTTGGTCATGGCACCAATCGAGATGTAGTCCACCCCCGTCTCGGCAATCACCCGCAGGGTCGTTTCGTTGACCCCGCCGCTGGCTTCAAGTTTGGCTTTGCCCGCGGTAATGCGCACGGCTTCGCGCATTTCGTCCAGGCTCAGCTCGTCGAGCATGATGATGTCCGCGCCAGCGGCCAGCGCCTG > NC_002947/902615‑902880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |