Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,406,600 | G→A | 19.3% | F169F (TTC→TTT) | puuP ← | putrescine permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,406,600 | 0 | G | A | 19.3% | 43.4 / 3.4 | 22 | F169F (TTC→TTT) | puuP | putrescine permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/8); new base A (2/2); total (11/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
GAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAG > NC_002947/1406468‑1406724 | gAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAac > 1:436675/1‑136 (MQ=255) aaCGTGAAGCACTGTATGGTCGAACCGGCGGCAAGGGCGCTTAAGTGGGTCTGGGTGTCGGCGAAGGGTATCTGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTATATTAaca < 2:481498/136‑1 (MQ=255) aGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCgat > 1:13859/1‑136 (MQ=255) gTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCt < 1:270423/136‑1 (MQ=255) gTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCt < 1:277118/136‑1 (MQ=255) cACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGcac > 1:416967/1‑136 (MQ=255) gcggcCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACAcccc > 2:314184/1‑135 (MQ=255) gcCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGa < 1:422830/136‑1 (MQ=255) aCTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGaa > 1:127469/1‑136 (MQ=255) gAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCAACCAGGTTCACg > 1:334518/1‑136 (MQ=255) ggCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGtt < 2:42640/136‑1 (MQ=255) gtggtACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATAAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATc > 2:56817/1‑132 (MQ=255) gtggtACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATAAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATc > 2:54192/1‑132 (MQ=255) gtggtACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATAAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATc < 1:56817/132‑1 (MQ=255) gtggtACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATAAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATc < 1:54192/132‑1 (MQ=255) tggtACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCt < 2:416967/136‑1 (MQ=255) cccAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCCCGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCa > 2:105265/1‑136 (MQ=255) ccTGGTCCTGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGcc < 2:350072/136‑1 (MQ=255) cAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGccacc > 1:57453/1‑136 (MQ=255) aGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGccaccc < 2:13859/136‑1 (MQ=255) aCGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACt > 1:497371/1‑136 (MQ=255) cacaGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAg < 2:115569/136‑1 (MQ=255) | GAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAG > NC_002947/1406468‑1406724 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |