| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,720,443 | G→A | 23.5% | R233H (CGC→CAC) | PP_2377 → | acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,720,443 | 0 | G | A | 23.5% | 28.0 / 5.6 | 17 | R233H (CGC→CAC) | PP_2377 | acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/5); new base A (2/2); total (10/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
CATCTACGAGTTTCTGCTGGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTG > NC_002947/2720309‑2720576 | catcTACGAGTTTCTGCTGGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAgcgc < 1:156322/136‑1 (MQ=255) aCGAGTTTCTGCTGGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTtgct < 1:108205/136‑1 (MQ=255) aGTTTCTGCTGGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCa > 2:458891/1‑136 (MQ=255) tgctgGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTgggg > 2:95215/1‑136 (MQ=255) gtCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCga < 1:463277/136‑1 (MQ=255) gtgtACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCACTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCgatgat > 1:46556/1‑136 (MQ=255) gtgtACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCACTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCgatgat > 1:49216/1‑136 (MQ=255) ccgccgCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGcc > 2:89760/1‑136 (MQ=255) cgcgGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCg > 1:499658/1‑136 (MQ=255) cgGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTg > 2:462772/1‑136 (MQ=255) cgGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTg > 1:223768/1‑136 (MQ=255) ccGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAg < 1:239932/136‑1 (MQ=255) ggTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGccc < 2:223768/136‑1 (MQ=255) gtgGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTGCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGG‑TACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTgg < 1:29660/136‑1 (MQ=255) ggCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCACTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGc < 2:46556/136‑1 (MQ=255) ggCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCACTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGc < 2:49216/136‑1 (MQ=255) ggCGGGCATGGCGATCTACTATCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGc > 1:28795/1‑136 (MQ=255) gCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTcca > 2:489129/1‑135 (MQ=255) gcgcTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATgtgctg < 2:499658/136‑1 (MQ=255) | CATCTACGAGTTTCTGCTGGGCATTGGTGTCGGTGTACTGTACCGCCGCGGGCTGATCCGCCAGGGCCGGTGGTTGCCGCTGGCGTTGCTGGGTGTGGCGGGCATGGCGATCTACTGTCTGGACGCTTCCCAGCGCTTGCTGCACTGGGGGTTACCGAGTGCGATGATCGTCCTGGCCTTCGTGGCCATGGAGCCGCTGTTCCAGGGCAATCGGCTGCTCAAGGCCCTTGGCGACTGTTCCTACTCGGTGTACCTGATACATGTGCTG > NC_002947/2720309‑2720576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |