Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,945,350 | C→A | 11.8% | intergenic (‑1186/‑187) | PP_2575 ← / → PP_2577 | hypothetical protein/paraquat‑inducible protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,945,350 | 0 | C | A | 11.8% | 102.5 / 5.1 | 34 | intergenic (‑1186/‑187) | PP_2575/PP_2577 | hypothetical protein/paraquat‑inducible protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/21); new base A (2/2); total (11/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
TGCCAGCGTGGGTGTGCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTGACCATGTTCTCTGCGATGAG > NC_002947/2945216‑2945482 | tGCCAGCGTGGGTGTGCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTcc < 2:99735/136‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGTGCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTATTGGTCCATGCt < 1:323757/136‑1 (MQ=255) ggggtgCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTTCCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGAtg < 2:331212/133‑1 (MQ=255) gtgCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGa > 1:3037/1‑136 (MQ=255) cccGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATgg < 2:113873/136‑1 (MQ=255) ctgctgTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATTTTAGTTGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCatc < 2:310112/136‑3 (MQ=255) ctgctgTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATTGTAGTTTCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCatc < 2:372672/136‑3 (MQ=255) ccAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGc > 2:59280/1‑136 (MQ=255) aGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCAc > 1:207988/1‑136 (MQ=255) ttcttcCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAg < 2:398799/136‑1 (MQ=255) ttcttcCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAg < 2:351652/136‑1 (MQ=255) tcttcCTTGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTTTACCGCTTCGTCGAGCTGAACGGCTACTCGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGATGCGCTGGTGCAACTGCGCGCGCTGGGCACCATCGAGc > 2:403412/1‑136 (MQ=255) tGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCgtg < 1:59280/136‑1 (MQ=255) tGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCa < 2:489071/136‑1 (MQ=255) cGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTc > 1:108421/1‑136 (MQ=255) ggCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCt < 2:278628/136‑1 (MQ=255) gTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCTTGTGGGCATTCTGTTCtt < 2:108421/136‑1 (MQ=255) tCGTAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGGGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTg < 2:555191/136‑1 (MQ=255) cGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTgg < 2:301570/136‑1 (MQ=255) cGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTgg < 2:357182/136‑1 (MQ=255) gCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACt > 2:473327/1‑87 (MQ=255) gCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACt < 1:473327/87‑1 (MQ=255) cAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCa < 2:3037/136‑1 (MQ=255) gTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCAtg < 2:207988/136‑1 (MQ=255) cTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTg > 2:527948/1‑136 (MQ=255) cgtcgAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCtt > 1:109615/1‑117 (MQ=255) cgtcgAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCtt < 2:109615/117‑1 (MQ=255) cgtcgAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTg > 1:296/1‑136 (MQ=255) tcgAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTGAc < 1:219780/136‑1 (MQ=255) tcgAGCTGATCGGCTACTGGTACATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTgg > 2:484719/1‑81 (MQ=255) tcgAGCTGATCGGCTACTGGTACATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTgg > 2:487421/1‑81 (MQ=255) tcgAGCTGATCGGCTACTGGTACATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTgg < 1:487421/81‑1 (MQ=255) tcgAGCTGATCGGCTACTGGTACATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTgg < 1:484719/81‑1 (MQ=255) gCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCTCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTGACCATGTTCTCTGc < 1:147126/136‑1 (MQ=255) ggTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTGACCATGTTCTCTGCGATGAg < 2:296/136‑1 (MQ=255) | TGCCAGCGTGGGTGTGCCCGCCATCAAGTTCTTTTCCCTTGGCCTGCTGCTGTTCACTGCCCAGCGTGGTTCTTCCTGGGCCTGCCGGCAGCGTTCGCAGTTGTACCGCTTCGTCGAGCTGATCGGCTACTGGTCCATGCTCGATGTGATGGTAGTGGCGCTGGTGGCTGCGCTGGTGCAACTGCGCGGGCTGGGCACCATCGAGCCGCGTGTGGGCATTCTGTTCTTTGGCATGGTGGTAGTGCTGACCATGTTCTCTGCGATGAG > NC_002947/2945216‑2945482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |