Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,452,733 | T→G | 6.8% | intergenic (‑182/+201) | PP_5558 ← / ← PP_3069 | Xre family transcriptional regulator/outer membrane autotransporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,452,733 | 0 | T | G | 6.8% | 194.0 / 7.1 | 59 | intergenic (‑182/+201) | PP_5558/PP_3069 | Xre family transcriptional regulator/outer membrane autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/30); new base G (2/2); total (27/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.42e-01 |
AAGCAATGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTGGTTCAGCCAGCCCG > NC_002947/3452599‑3452857 | aaGCAATGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTa < 2:15780/136‑1 (MQ=255) gCAATGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTagc < 1:8091/136‑1 (MQ=255) aaTGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTagcag > 2:461683/1‑136 (MQ=255) aaTGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTagcag > 2:464407/1‑136 (MQ=255) ataCGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCAccc > 2:186278/1‑136 (MQ=255) cGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCgg < 1:50069/136‑1 (MQ=255) cAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagt < 1:401187/136‑1 (MQ=255) aaGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagtg < 1:443342/136‑1 (MQ=255) aaGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagtg < 2:502060/136‑1 (MQ=255) aGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagtga > 2:410139/1‑136 (MQ=255) aGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagtga > 2:427162/1‑136 (MQ=255) aGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGgtgagtga > 1:484611/1‑136 (MQ=255) gCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTagc > 1:263800/1‑117 (MQ=255) gCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTagc < 2:263800/117‑1 (MQ=255) gCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGc > 2:488741/1‑136 (MQ=255) gCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGc > 2:485987/1‑136 (MQ=255) tAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCACAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCt > 1:212091/1‑136 (MQ=255) ggggCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCttt < 1:257394/136‑1 (MQ=255) ggggCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCttt < 1:186278/136‑1 (MQ=255) gCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTCAGCAGTTCCTTTGGc > 2:355400/1‑136 (MQ=255) cAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCt > 1:539982/1‑136 (MQ=255) gtgtggtTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGgtg < 2:277048/134‑1 (MQ=255) gggTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGgtg > 1:214197/1‑136 (MQ=255) ttATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGTCCATCCTGAACTTTACCGCCTACCTGCCGCAGTTAGTAACGGTCGGTAGCAGCACCCCGCTGAGTGAGCAGATCCTATGGCTGGGTGtgttgt > 1:58991/1‑136 (MQ=255) ttATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGtgttgt > 1:182251/1‑136 (MQ=255) aTTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTc < 2:255784/136‑1 (MQ=255) cAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGggcgg < 2:539982/136‑1 (MQ=255) cAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGggcgg < 2:50674/136‑1 (MQ=255) cAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGggcgg < 1:488741/136‑1 (MQ=255) gTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgcc < 2:15447/136‑1 (MQ=255) gCTAGGTATCCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTGCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgccatc < 1:227779/136‑1 (MQ=255) tAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgccatcgc < 1:227733/136‑1 (MQ=255) tAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgccatcgc < 2:416994/136‑1 (MQ=255) tAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgccatcgc < 1:410139/136‑1 (MQ=255) tAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGgccatcgc < 1:34730/136‑1 (MQ=255) aaCCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCt < 1:464407/136‑1 (MQ=255) aaCCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCt < 1:461683/136‑1 (MQ=255) ccAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTc > 1:215515/1‑136 (MQ=255) ccATCCTGATCTTTACCGCCTTGCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCTGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:203343/136‑1 (MQ=255) ccATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:414595/136‑1 (MQ=255) ccATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:382704/136‑1 (MQ=255) agaTCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:182242/134‑1 (MQ=255) aTCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTgg < 2:552849/136‑1 (MQ=255) aTCATGATATTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGGCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTTAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTgg < 2:67202/136‑1 (MQ=255) tGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGgcgc > 1:502141/1‑136 (MQ=255) tGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGgcgc > 2:4870/1‑136 (MQ=255) tGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGgcgc > 1:195794/1‑136 (MQ=255) tGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGACCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGgcgc > 1:467388/1‑136 (MQ=255) tGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGCTCGCTAGCAGCCCCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGgcgc > 1:249258/1‑136 (MQ=255) tttACCGCCTTCCTGCAGCAGTTCGTCTCGGTAGGTAGCAGCACACCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGATGGAATGGGCGGCAATCGCCATCTAATCAGGACTGGGCGCCTACa > 2:106493/1‑136 (MQ=255) cGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAg > 1:130909/1‑136 (MQ=255) cGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGGAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt > 2:408583/1‑120 (MQ=255) cGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGGAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt > 2:411389/1‑120 (MQ=255) cGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGGAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:411389/120‑1 (MQ=255) cGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGGAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGAAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCt < 1:408583/120‑1 (MQ=255) tCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTg > 1:125289/1‑136 (MQ=255) tGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTGGtt < 1:171799/136‑1 (MQ=255) ttCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTGGTTcagccagc > 2:45678/1‑136 (MQ=255) gTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTGGTTCAGCCAGCCCg < 1:26857/136‑1 (MQ=255) | AAGCAATGTATACGGATCAAGGCCTGCTTAGGGGCAGGAGGGTGGTTATTCTAAAAATTATATTATCAGTCGCTAGGTAACCCCAAGGCCATCCTGATCTTTACCGCCTTCCTGCCGCAGTTCGTCTCGGTCGGTAGCAGCACCCCGGTGAGTGAGCAGTTCCTTTGGCTGGGTGTGTTGTTCCTGCTGCTGGAATGGGCGGCCATCGCCATCTACTCAGGCCTGGGCGCCTACATGCAGCGTTGGTTCAGCCAGCCCG > NC_002947/3452599‑3452857 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |