Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,648,276 | G→T | 11.4% | A251A (GCC→GCA) | PP_3213 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,648,276 | 0 | G | T | 11.4% | 106.8 / 4.1 | 35 | A251A (GCC→GCA) | PP_3213 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/18); new base T (2/2); total (15/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
CCGATCCCCTGGGTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGTGGATAACCGGCATCT > NC_002947/3648154‑3648411 | ccGATCCCCTGGGTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCAt > 2:305117/1‑136 (MQ=255) tCCCCTGGGTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAg < 2:272387/136‑1 (MQ=255) gTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCGCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCt < 1:251164/136‑1 (MQ=255) gTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCt < 2:351214/136‑1 (MQ=255) ttGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTT‑GGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTc < 1:411362/136‑1 (MQ=255) tGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTc < 1:124251/136‑1 (MQ=255) cAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCa < 2:312886/136‑1 (MQ=255) cAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCa < 2:45481/136‑1 (MQ=255) ccTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAAcc > 1:407615/1‑136 (MQ=255) tctcCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCt > 2:114774/1‑136 (MQ=255) cACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCAt > 1:200273/1‑136 (MQ=255) cGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGa < 2:221100/136‑1 (MQ=255) aGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGACGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCa > 1:521090/1‑136 (MQ=255) ggCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCAc < 1:305117/136‑1 (MQ=255) tGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTg < 2:39412/136‑1 (MQ=255) gAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTAcc > 2:223309/1‑136 (MQ=255) aCGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGt > 1:17816/1‑136 (MQ=255) aCGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGt > 1:32084/1‑136 (MQ=255) aGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATTCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAgg > 2:371922/1‑135 (MQ=255) agTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGt < 1:330565/136‑1 (MQ=255) gTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGtg > 1:359341/1‑135 (MQ=255) ttCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCt > 2:413484/1‑136 (MQ=255) ttCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGAAAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCt > 2:265864/1‑136 (MQ=255) tCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGt < 1:74074/136‑1 (MQ=255) ggggTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACg < 1:114774/136‑1 (MQ=255) gggTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACgg < 1:335156/136‑1 (MQ=255) cgcgCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATcc < 2:292140/136‑1 (MQ=255) gATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACTAAACGTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGTGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGt < 2:521090/136‑1 (MQ=255) taTTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAAGCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTGTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTATGTTTGATAAcc < 2:342605/135‑1 (MQ=255) aTTGCCTGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCg < 2:93112/88‑1 (MQ=255) aTTGCCTGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCg < 2:95641/88‑1 (MQ=255) aTTGCCTGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCg > 1:95641/1‑88 (MQ=255) aTTGCCTGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCg > 1:93112/1‑88 (MQ=255) aTTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGTGGATAACCg > 1:311791/1‑136 (MQ=255) ttGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGTGGATAACCgg < 1:323126/136‑1 (MQ=255) ggCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGTGGATAACCGGCATCt > 1:146500/1‑136 (MQ=255) | CCGATCCCCTGGGTTGCAGCCTCTCCACCGGTGACCAGGCGGTACTGCTTGAGGGTCGAGACGCCCCAGGCCAGCAGTTCATCGGTCATGTTGGGGTTGTCGCGCTTGATCAGTGCATTGCCGGCGCTGGGGTCATCCAGATAGCGCTTCCAACCCTCCATGGATGCGCGCACGAAACCTGCTACCCGCTCTGGGTGCTCAGCGATGATGTCTTGACGGGTGACCACGGTGGATCCGTAGGGTGGATAACCGGCATCT > NC_002947/3648154‑3648411 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |