| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,787,073 | C→A | 16.7% | I101I (ATC→ATA) | PP_3348 → | GGDEF domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,787,073 | 0 | C | A | 16.7% | 66.4 / 6.1 | 24 | I101I (ATC→ATA) | PP_3348 | GGDEF domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/7); new base A (2/2); total (15/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
GTCGACCGGCGTGCGTACCGCCATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATGACCC > NC_002947/3786956‑3787200 | gtCGACCGGCGTGCGTACCGCCATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCttt > 1:432003/1‑136 (MQ=255) gtACCGCCATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGc < 2:488877/136‑1 (MQ=255) cATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAgacgac > 2:472484/1‑136 (MQ=255) cATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAgacgac < 2:376054/136‑1 (MQ=255) aTGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATATGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGacgacg > 2:4542/1‑136 (MQ=255) aTGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATATGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGacgacg > 2:381778/1‑136 (MQ=255) tgtgCTTCGCCTATCTGCGAGCTCCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAAGGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGAcgc < 2:473157/136‑1 (MQ=255) cTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCac > 2:439941/1‑135 (MQ=255) cTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAg > 1:413699/1‑136 (MQ=255) cTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAg > 2:253786/1‑136 (MQ=255) aCCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATg > 1:564802/1‑136 (MQ=255) cGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCa < 2:564802/136‑1 (MQ=255) cGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCa < 2:432003/136‑1 (MQ=255) cGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCa < 1:116768/136‑1 (MQ=255) gAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCgg > 2:561802/1‑136 (MQ=255) gAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATATGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCgg < 1:4542/136‑1 (MQ=255) gAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATATGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCgg < 1:381778/136‑1 (MQ=255) gTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGgtg > 2:308756/1‑136 (MQ=255) ttACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGc > 2:193413/1‑136 (MQ=255) cGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTa < 2:138101/136‑1 (MQ=255) gTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATg > 1:455580/1‑136 (MQ=255) gcggcTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATGAccc > 1:79026/1‑136 (MQ=255) gcggcTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATGAccc > 1:309935/1‑136 (MQ=255) gcggcTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATGAccc > 1:105541/1‑136 (MQ=255) | GTCGACCGGCGTGCGTACCGCCATGTTCTTCGCCTATCTGCGAGCACCCGCCAACCAGCGCACGGCCGAACGCTGGGAGTGGCGTTACTGGGTCACGCTGATGCTGTCGGCGGCTATCTGGGGCTGGGGCGCCTTTGCCGTAATGCCCGCAGACGACGCGCTGGGGCAGACGCTGATCATGCTGTTTGCCGTCGGCATGTCTGTCAGCGCGGTGTCATGCTACTCCTCCTACCGCAACATGACCC > NC_002947/3786956‑3787200 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |