Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,772,420 | C→A | 7.1% | L2938F (TTG→TTT) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,772,420 | 0 | C | A | 7.1% | 194.2 / 4.7 | 56 | L2938F (TTG→TTT) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/32); new base A (2/2); total (22/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
GCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATGCGCC > NC_002947/4772285‑4772552 | gCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTAcc < 2:459578/136‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCaa < 1:458244/136‑1 (MQ=255) ttCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAAc < 2:313918/136‑1 (MQ=255) gcggTAAGCCCCGGGCGGGTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTAc < 1:137230/136‑1 (MQ=255) ggTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTTGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCGCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGGAGTGGGTTGAGGTCTTCGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCTACGTACCt < 2:210387/136‑1 (MQ=255) gCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTgg > 1:41505/1‑136 (MQ=255) gCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAg > 1:259702/1‑136 (MQ=255) ggTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGTCATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGAc > 1:404830/1‑136 (MQ=255) cAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACcgcg < 2:51222/136‑1 (MQ=255) cgCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCa < 1:554463/135‑1 (MQ=255) gggCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGgctg > 2:436216/1‑136 (MQ=255) aCGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCtgtg < 1:537793/136‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCttt > 2:110319/1‑136 (MQ=255) cGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCttt < 2:216923/136‑1 (MQ=255) agatAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGa > 2:533087/4‑136 (MQ=255) aGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGa > 1:483628/1‑136 (MQ=255) aGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCGTTCCAGa > 2:345209/1‑136 (MQ=255) ggTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGAt < 1:325029/136‑1 (MQ=255) ggTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGAt < 1:144478/136‑1 (MQ=255) gagTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGAtcgtc > 2:311585/1‑136 (MQ=255) gagTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGAtcgtc > 2:314600/1‑136 (MQ=255) cccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGTCTGCTGTTTCGCTGCTTTCCAGATCGTCGGGGtta < 2:510259/136‑3 (MQ=255) cccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTaa < 1:311585/136‑1 (MQ=255) cccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTaa < 1:314600/136‑1 (MQ=255) cccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTCGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGtta < 2:60964/136‑3 (MQ=255) ccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACAAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAAc > 1:128881/1‑136 (MQ=255) ccGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACAAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAAc > 1:126213/1‑136 (MQ=255) gCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAAccc > 1:233862/1‑135 (MQ=255) ccACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCAc > 1:246786/1‑136 (MQ=255) cGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTtc < 1:171064/136‑1 (MQ=255) cGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTtc < 2:303172/136‑1 (MQ=255) cGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTtc < 2:211907/136‑1 (MQ=255) cggcAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTGTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTtcggtg > 1:465973/1‑135 (MQ=255) cggcAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGAACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTCCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGACGGGGTAACCACGCGTtcggtc > 1:453565/1‑136 (MQ=255) cAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGc < 2:91876/136‑1 (MQ=255) cAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGc < 2:259702/136‑1 (MQ=255) gTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGccc < 2:539660/136‑1 (MQ=255) ttCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGc < 1:553776/136‑1 (MQ=255) ttCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGc < 1:433780/136‑1 (MQ=255) tCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGcc > 1:380508/1‑136 (MQ=255) gTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATtg < 1:556262/136‑1 (MQ=255) gTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACAAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATtg < 2:128881/136‑1 (MQ=255) gTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACAAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATtg < 2:126213/136‑1 (MQ=255) tCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATtga < 2:66274/136‑1 (MQ=255) tCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATtga < 2:124828/136‑1 (MQ=255) gACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGc < 1:248439/136‑1 (MQ=255) aCATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCAGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGCTTTCGGTCGGCCCAAAGCCATTGATGATGTACtacc > 1:224751/1‑133 (MQ=255) gcgcTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGc > 2:30134/1‑129 (MQ=255) gcgcTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGc < 1:30134/129‑1 (MQ=255) tGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCAt > 1:500104/1‑136 (MQ=255) tGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCAt > 1:162347/1‑136 (MQ=255) gCCCTACCAACGTACCTCATGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATg < 2:95752/136‑1 (MQ=255) gCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATg < 1:58899/136‑1 (MQ=255) gCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATg < 1:485123/136‑1 (MQ=255) gCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATg < 2:407762/136‑1 (MQ=255) gCCCTACCAACGGACCTAGTGGCGCCTAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCTTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATg < 2:268686/136‑1 (MQ=255) tACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATGCGcc > 1:267602/1‑136 (MQ=255) | GCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACATAGGCGCTACGCTGCCCTACCAACGTACCTATTGGCGCATAGACCGCGCCGCAAGGCTGCTGTGGCGCGGCTTTCCAGATCGTCGGGGTAACCACGGTTTCGGTCGGCCCATAGCCATTGATGATGTACTGCGGCTGCAAGTAGGCATGCGCC > NC_002947/4772285‑4772552 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |