Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,072,138 | 0 | A | C | 36.0% | 52.3 / 13.8 | 50 | V162G (GTG→GGG) | PP_5324 | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/24); new base C (18/0); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.40e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AACGCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGG > NC_002947/6072006‑6072257 | atcgcgTTGATCACACATGGCGGCTGGCCTCTGGCCTGGCGCTGGTGGCCGTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCt < 1:178752/134‑1 (MQ=255) aCGCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCtt < 1:384764/136‑1 (MQ=255) aCGCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCGGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCtt < 1:207968/136‑1 (MQ=255) gCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCt < 2:79743/133‑1 (MQ=255) gCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCt > 1:79743/1‑133 (MQ=255) gCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGa > 2:253813/1‑136 (MQ=255) gCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCATGa > 2:322707/1‑136 (MQ=255) gATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCt < 2:376826/136‑1 (MQ=255) acacaTGGCTGCAGGCCACTGGCCTGGCGCAGCGGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGTCAGGTGCGGGCTCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCgg < 1:238828/136‑1 (MQ=255) aTGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCGTGGCCGCTGCGGGcgt > 1:254118/1‑134 (MQ=255) aTGGCGGCAAGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCtt < 1:276330/136‑1 (MQ=255) tGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCATGACCGCGTCGGGCTTg > 2:216437/1‑136 (MQ=255) tGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCTAGCCCGCGTCGGGCATGgccc > 1:419481/1‑135 (MQ=255) gCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGGCGCCCCCTTGACCGCGGCGGGCGTGCCCGCAGTc > 1:438419/1‑136 (MQ=255) gCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCATGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTc > 1:294128/1‑136 (MQ=255) gCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGGGTCGGCGCCGCCCCCGTGACCGCGTCGGGCTTGCACGCAgag > 2:276330/1‑134 (MQ=255) ccAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCTTGGCCGCGTCGGGCGTGCCCGCCGTCCGCGCGtg > 2:329097/1‑135 (MQ=255) ccAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCATGACCGCGTCGGGCGTGCCCGCAGGCcgcgcggt > 2:108966/1‑134 (MQ=255) cAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTc < 2:362660/136‑1 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGTGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCCTGACCGCGTCGGGGTTGCGCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAg > 2:238665/1‑136 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCTTGACCGCGGCGGGCGTGCCCGCAGGCAGCGCGGTGAACGAg > 2:245947/1‑136 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCATGACCGCTTGGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGGTGAACGAg > 2:214764/1‑136 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAg > 1:320314/1‑136 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCGTGACCGCGTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGGTCAACgcc > 1:232337/1‑134 (MQ=255) cAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGGGTGGGCGCCGCCCCCGTGCCCGCTTCGGGCTTGCCCGCCGTCAGCGCGTTCCACGAg > 1:261502/1‑136 (MQ=255) ggccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCGAGCCCGCGTCGGGCGTGCCCGCAGGCAGCGCGGTCAACGAGTCGtt > 1:47706/1‑136 (MQ=255) gccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGGGCCGCCCCCGTGCCCGCTGCGGGCGTGGCCGGCGTCCGCGCGTTGCAAGAGTCGtgg > 1:409764/1‑134 (MQ=255) gccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTg < 1:422551/136‑1 (MQ=255) gccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTg < 1:366048/136‑1 (MQ=255) gccctggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCACGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTg < 2:241740/136‑1 (MQ=255) tggccACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCaa < 1:108966/136‑1 (MQ=255) cACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGGGCCGCCCCCATGCCAGCGTCGGGCGTGCCCGCCGGAGGCGCCTTCAACCGGTCGTTGGGAAAGGc > 2:168987/1‑136 (MQ=255) aCGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGcc < 2:284110/136‑1 (MQ=255) gCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTg < 1:129223/136‑1 (MQ=255) ggCGCGGGGGCGGCAGGTGCTGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCTTGACCGCGTCGGGCTTGCCCGCAGGCCGCGCGTTGAACGACTGGTTGGGAAAGGGCTGGTTGGGTc > 2:245835/1‑136 (MQ=255) gggCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATc < 1:39067/136‑1 (MQ=255) gACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTGGGCGCCGCCCCCATGGCCGCGTCGGGGGTGCCCGCCGGGAGCGCGGTGAAAGAGGCGTTGGGAAAGGGCGGGGTGGGGGGCGCCGGGGCGGTGGCCCTCCGGcggggg > 2:398177/1‑131 (MQ=255) aCCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCATGACCGCTTCGGGCGTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTAGGTGGGAAAGGCCCGGTTGGGTCGCGCCCGGCCGCAGGGCATCAGGCGGTCgg > 2:360536/1‑135 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:398177/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:322707/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:253813/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCt < 1:196717/136‑1 (MQ=255) gCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCCCCATGACCGCGTCGGGCTTGGCCGCCGTCAGCGCGGTGAACGAGTGGTTGGGAAAGGCCGGGTTGGGTCGCGCCGGGCCGCTGGGCCTCAGGCGGTGGAGCTTTcc > 2:168420/1‑136 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 1:296590/136‑1 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 1:276502/136‑1 (MQ=255) gccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCa < 1:162420/136‑1 (MQ=255) ccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAg < 2:261502/136‑1 (MQ=255) ccggtgTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGGCAg < 1:55197/136‑1 (MQ=255) cggtgTCGGCGCCGCCCCCATGACCGCGTCGGGCTTGCCCGCCGTCAGCGCGTTGAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGCTGGGCATCAGGCTGTCGAGCTTTCCGGTCTTGGTGAgg > 2:388225/1‑136 (MQ=255) cggtgTCGGCGCCGCCCCCATGACCGCATGGGGCGTGCCCCCAGTCAGCGCGGTGAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCCGGTTGGGTCGCGCCCGGGCGCTGGGCCTCCGGGTGGGGGGGTGACCGAACTTGGTCAgg > 2:213850/1‑136 (MQ=255) | AACGCCTTGATCACACATGGCTGCATGCCACTGGCCAGGCGCAGCTGGCCCTGGCCACGGCCGCTCGGCGCGGGGGCGGCAGGTGCGGGCGCCGCGACCAAAGGCTTGGCCGGTGCCGGTGTCGGCGCCGCCACCTTGACCGCTTCGGGCTTGCCCGCAGTCAGCGCGTTCAACGAGTCGTTGGCAAAGGCCGGGTTGGCTCGCGCCGGGCCGATGGCCATCAGGCTGTCGAGCTTACCGATCTTGGTCAGG > NC_002947/6072006‑6072257 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |