| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,498,167 | C→T | 19.0% | D148N (GAT→AAT) | PP_2191 ← | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,498,167 | 0 | C | T | 19.0% | 43.2 / 4.8 | 21 | D148N (GAT→AAT) | PP_2191 | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/6); new base T (2/2); total (13/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
CGCCTGAATACGCCAGCATGGTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCAGGAAGGAAAACGCCGTGATGCTTACCGG > NC_002947/2498038‑2498299 | cgccTGAATACGCCAGCATGGTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTaaa > 1:164051/1‑136 (MQ=255) tGAATACGCCAGCATGGTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGTTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAgcgc < 1:196456/136‑1 (MQ=255) gCATGGTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAg > 1:95605/1‑136 (MQ=255) ggTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGc > 1:42700/1‑136 (MQ=255) gcAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCccgcc > 2:149479/1‑136 (MQ=255) gAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCa > 2:160615/1‑136 (MQ=255) caacaaGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTg > 1:140450/1‑136 (MQ=255) caaGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCcg < 1:86155/136‑1 (MQ=255) tGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAg < 2:23061/136‑1 (MQ=255) cgcccgGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATTGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCg < 2:236659/123‑1 (MQ=255) cgcccgGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATTGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCg > 1:235174/1‑123 (MQ=255) cgcccgGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATTGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCg > 1:236659/1‑123 (MQ=255) cgcccgGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATTGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCg < 2:235174/123‑1 (MQ=255) cgcccgGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTgcc < 1:54100/136‑1 (MQ=255) gTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCa > 1:93347/1‑136 (MQ=255) gTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCTGGAAGGAAAACGcc < 2:17205/136‑1 (MQ=255) tCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAg > 1:35289/1‑53 (MQ=255) tCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAg < 2:35289/53‑1 (MQ=255) tCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCAGGAAGGAAAACGCCGTGATGCTTACCg > 2:171244/1‑136 (MQ=255) cATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCAGGAAGGAAAACGCCGTGATGCTTACCgg > 2:68532/1‑136 (MQ=255) cATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCACAGCCCATAGGCCTGGCGCAGGAAGGAAAACGCCGTGATGCTTACCgg > 1:173690/1‑136 (MQ=255) | CGCCTGAATACGCCAGCATGGTGCGCAGCGAAGTCAACAAGCTGATGGCCGCAGCCAGCGCCAACCGCTGAGCACACCCGCCCGGCGCTTGTCAGTAGGTGCCCTTGGGCAGGTCCAGCTTGCCTTCATCGGTAAAGCGCACGGTCCCCAGCGGCCCGCCGGCCAGTTTGCCGCGCAGCTTGTAGGGTAGACCCTGCAGCGAATCCAGCTTGCCCAGCCCATAGGCCTGGCGCAGGAAGGAAAACGCCGTGATGCTTACCGG > NC_002947/2498038‑2498299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |