| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,728,782:1 | +G | 6.8% | coding (162/2574 nt) | opgH ← | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,728,782 | 1 | . | G | 6.8% | 542.5 / 34.0 | 132 | coding (162/2574 nt) | opgH | glucans biosynthesis glucosyltransferase H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (65/58); new base G (6/3); total (71/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-02 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGGTGCGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTGCG > NC_002947/5728634‑5728929 | tGGTGCGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑t < 1:4022629/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑Tg < 1:1539603/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGc > 2:282561/1‑150 (MQ=255) 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tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑t < 2:2862466/136‑1 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑t > 1:2862466/1‑136 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCa > 1:1247133/1‑150 (MQ=255) tCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCa > 2:3116674/1‑150 (MQ=255) aCGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTg > 2:1049691/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGt > 1:4114889/1‑150 (MQ=255) tGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGt < 1:4799252/150‑1 (MQ=255) gCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGtt < 2:1839155/150‑1 (MQ=255) gCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGtt > 2:1606388/1‑150 (MQ=255) gTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCT‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTgg > 2:1013837/1‑150 (MQ=255) 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ggCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTgc < 2:3343744/150‑1 (MQ=255) gCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTgcg > 2:2818066/1‑150 (MQ=255) | TGGTGCGCCATGGCTCGGGCACGACCTTGGTGCGTTTGATCGGCGGGGCGATCTTCAGGCACAGGCGGCCGCTGCCGTCGACGCCGAGCATTTCGGCTTCTTCCAGCTCGGCGGCGCTGCCCACGGTCAGGCGCGGGCCCACCGAGGCC‑TGCACGGCCTCGGCAGAGCTGGCGGCCGGGTTGGCCGCCAAGCGTTGGTGTAGCTCACTGAACGAGGTGCAGCTGGCAAGCTCAGCCCGCTGCTCGTCGCTCAGTGGTAGGTGGGCCAGGTACTCGCCAAGCGATTCCGGCCTTGCG > NC_002947/5728634‑5728929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |