Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 564,380:1 | +A | 7.7% | intergenic (+29/‑144) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 564,380 | 1 | . | A | 7.7% | 529.0 / 38.6 | 130 | intergenic (+29/‑144) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (43/77); new base A (3/7); total (46/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CCGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGA > NC_002947/564231‑564527 | ccGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGc < 1:74926/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGGGCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGc > 1:2856978/1‑150 (MQ=255) gggCGGCTACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTg > 1:4567574/1‑150 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtt < 2:3224824/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtt < 2:4492237/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtt < 2:1089497/150‑1 (MQ=255) tACCTGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGtt < 1:1052216/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 2:2772415/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 2:4303862/150‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGtttttt < 1:459096/150‑1 (MQ=255) ggcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGttttct < 2:4924314/149‑3 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTg < 2:1779670/150‑1 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTg < 2:4358600/150‑1 (MQ=255) gcgcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTg < 1:1272448/150‑1 (MQ=255) gcATCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGta < 1:2431159/150‑2 (MQ=255) aTCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTta < 2:2116992/150‑1 (MQ=255) tCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTtat > 1:4428530/1‑150 (MQ=255) tCCTGAAGTGCGGTTTCCGCGCTGGCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAAAAAACCGGGCACTAG‑GCCCGGTTTTCTGtagca < 2:3061158/150‑5 (MQ=39) 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gCGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGa < 2:4745838/150‑1 (MQ=255) cGACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGAt < 1:4935065/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATg > 1:2099612/1‑150 (MQ=255) aCAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGGTTATTTCTATTGATGt > 1:3058379/1‑150 (MQ=255) cAACGCGCCTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTa > 1:901826/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCCTATGGCGTATTTCGAGCTGTTTGATCGTACGGTAGGCGGTTCTTTAGAATCTGCTGATTTAGTCGTTCTGTCTGCTTCAGATATCGGTGC‑GTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATAGATCTATTGTTTATTTCTTTTGATTTaa < 2:4367675/150‑1 (MQ=255) ccTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATg < 1:3872379/150‑1 (MQ=255) ccTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATg < 1:3872381/150‑1 (MQ=255) ccTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATg < 1:2283103/150‑1 (MQ=255) cTATGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTTAGTCATGt > 1:629255/1‑150 (MQ=255) aTGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTaa > 2:4060184/1‑150 (MQ=255) aTGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CGAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTaa < 1:1509945/150‑1 (MQ=255) tGGCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAAt < 2:3800620/150‑1 (MQ=255) gCGTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGa > 1:2675475/1‑150 (MQ=255) gTATGTCGAGCTGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAGGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAAt > 2:550980/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTa > 1:4493293/1‑150 (MQ=255) ttGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATc < 2:1682479/150‑1 (MQ=255) ctGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATc < 2:1970527/149‑1 (MQ=255) gATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCtt < 1:885048/150‑1 (MQ=255) gTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTATTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTc < 1:2581006/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |