New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2898535 = | 158 (1.040) | 9 (0.070) | 7/240 | NT | 7.2% | intergenic (+26/‑112) | PP_2550/PP_2551 | transcriptional regulator/LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2898614 = | 94 (0.710) | intergenic (+105/‑33) | PP_2550/PP_2551 | transcriptional regulator/LysR family transcriptional regulator |
GGTGGTCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/2898701‑2898535 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gagcgggcttgcccgcgaGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGCCCT > NC_002947/2898614‑2898762 GGTGGTCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGG > 2:4032130/1‑150 GTGGTCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGA > 2:1861266/1‑150 TGGTCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAG < 2:3934944/150‑1 TCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGG > 1:15809/1‑150 TCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGG > 1:4668638/1‑150 GAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGC < 1:3316924/150‑1 GAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAACCCCCTAACACAGGGTTATAACACGGTTAAGCATCGTGAAAAACCAGCGGGAGCGGGC > 1:1441108/1‑150 GGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTT < 1:1861266/150‑1 GGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCAGCGGGAGCGGGCTT > 1:2739921/1‑150 GTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGC < 1:4179672/150‑1 GTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGC < 1:4003043/150‑1 GTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGAGGGAGCGGGCTTGC > 2:920273/1‑150 GCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCC < 1:343530/150‑1 GCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGC > 2:4981537/1‑150 GCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGC < 2:1281991/150‑1 CAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCG > 2:4556615/1‑150 GGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCAAGCCCGCtcc < 2:2656373/150‑4 AAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCC > 2:3199973/1‑150 GCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTC > 1:2533413/1‑150 CCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCG > 2:3151270/1‑150 CCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGACTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCG > 1:796267/1‑150 CTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCA > 2:1516469/1‑150 CTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACC > 2:4645821/1‑150 TCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCT > 2:738974/1‑150 TCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCT > 2:738958/1‑150 AGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGGATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTG < 1:4645821/150‑1 tctcGCGGGCAAGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGG > 2:714752/5‑150 GAGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGT < 1:3151270/150‑1 GAGCGGACTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGT < 2:796267/150‑1 AGCGGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTG > 2:3524455/1‑150 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCTTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 1:869141/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 2:1714728/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 2:2178544/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 1:3978066/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 1:1087819/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 2:728333/150‑1 GGGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCA < 1:440266/150‑1 GGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAG < 1:2726995/150‑1 GGCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAG > 2:4916488/1‑150 GCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGC < 1:2743779/150‑1 GCTTGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGC > 2:1206319/1‑150 aaGCCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCA > 1:476241/3‑150 CCCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACACTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATC < 2:4788246/150‑1 CCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCG > 1:2236490/1‑150 CCGCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCG > 2:4052167/1‑150 GCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGC < 1:956787/150‑1 GCGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGC < 1:4797951/150‑1 CGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGCC < 1:671346/150‑1 CGAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGCC < 1:1193853/150‑1 GAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGG > 2:3799318/1‑132 GAGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGG < 1:3799318/132‑1 AGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGCCCT < 1:4827735/150‑1 GGTGGTCGAGGGTGCGCAGGTGGGCGAGGCTGAGGGAGGCGAAGGTGGGGTTCATGCAGGCTCCCTGCGGTGGAATTCAAGGGCCCTCTCGCGGGCAAGCCCGCTCTCACAGGGTTCTCACACGGTTCAGCATCGTGAAAAACCTGCGGGAGCGGGCTTGCCCGCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/2898701‑2898535 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gagcgggcttgcccgcgaGAGGGCCCTTGAATTCCACCGCAGGGAGCCTGCATGAACCCCACCTTCGCCTCCCTCAGCCTCGCCCACCTGCGCACCCTCGACCACCTGTTGCAGCTTAAAAACCTCAGCCACGCGGCCGAGCGCCTGGGTGTCAGCCAATCGGCCCT > NC_002947/2898614‑2898762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |