| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,629,220 | G→T | 6.2% | V230F (GTC→TTC) ‡ | mucB → | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,629,220 | 0 | G | T | 6.2% | 475.4 / 15.6 | 144 | V230F (GTC→TTC) ‡ | mucB | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/73); new base T (4/5); total (66/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCG > NC_002947/1629073‑1629369 | tGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCa > 1:3842714/1‑150 (MQ=255) ccGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAg > 2:934752/1‑150 (MQ=255) ccGTCTAGATACAGATTAAATACACAGCGACGAAGACTTGCGCCCATTTTCTGACTGCAAGCAAGTGCAGCATTTGGAAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGAGGTTTTGCGTTAGGAATGGCTGCAAACCGGTTTCGAGCTGGTCAACAg > 1:1269271/1‑150 (MQ=255) tctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTc < 2:112463/150‑1 (MQ=255) tctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTCCGAGCTGTTGACCAGCTc < 2:515630/150‑1 (MQ=255) ctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCg < 2:1608992/150‑1 (MQ=255) tcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGTTGACCAGCTCga < 1:4976137/150‑2 (MQ=255) cGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGTTGACCAGCTCgaa < 1:939354/150‑3 (MQ=255) 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gACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGAc < 2:2933370/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACAt < 2:2143807/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGTGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATg > 2:1227516/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATg > 1:3391894/1‑150 (MQ=255) ggCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc < 2:542090/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc < 1:1616866/150‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgcg > 1:1434958/1‑150 (MQ=255) cACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAccc > 1:2385475/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGGGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcccc > 2:899674/1‑149 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGCCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCa > 2:1268513/1‑132 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGCCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCa < 1:1268513/132‑1 (MQ=255) cGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCt > 2:2736233/1‑150 (MQ=255) taccGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAgg > 2:1971232/4‑150 (MQ=255) tCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGcc > 1:2460014/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGccc > 2:887997/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCg > 2:559121/1‑150 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGAc < 2:3391894/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGAc < 1:3479204/150‑1 (MQ=255) tGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTGTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCt > 2:3893884/1‑150 (MQ=255) gTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCTAGCTAGGCCCGACCTCg > 2:3145382/1‑150 (MQ=255) gTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCg > 1:935111/1‑150 (MQ=255) | ATGACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCG > NC_002947/1629073‑1629369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |