| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,629,224 | A→C | 6.2% | N231T (AAC→ACC) | mucB → | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,629,224 | 0 | A | C | 6.2% | 477.2 / 16.3 | 144 | N231T (AAC→ACC) | mucB | sigma factor AlgU regulator MucB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/71); new base C (4/5); total (67/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCA > NC_002947/1629076‑1629372 | aCCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAAc < 1:470861/150‑1 (MQ=255) ccGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAg > 2:934752/1‑150 (MQ=255) tctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTc < 2:112463/150‑1 (MQ=255) tctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTCCGAGCTGTTGACCAGCTc < 2:2771440/150‑1 (MQ=255) tctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTCCGAGCTGTTGACCAGCTc < 2:515630/150‑1 (MQ=255) ctcGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCg < 2:1608992/150‑1 (MQ=255) cGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGTTGACCAGCTCgaa < 1:939354/150‑3 (MQ=255) gATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTCCGAGCTGTTGACCAGCTCgaaa < 1:5110595/150‑4 (MQ=255) 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aaTACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATcc > 2:1958903/1‑150 (MQ=255) aTACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATccc < 1:53132/150‑1 (MQ=255) aCCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCaa < 1:101466/150‑1 (MQ=255) aCCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCaa < 1:4115121/150‑1 (MQ=255) ccAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGc > 2:5108522/1‑150 (MQ=255) 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ggCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgc < 2:542090/150‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgcg < 1:1767983/150‑1 (MQ=255) gCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATgcg > 1:1434958/1‑150 (MQ=255) ccACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcc < 1:4974022/150‑1 (MQ=255) cACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAccc < 2:172874/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGGGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCAcccc > 2:899674/1‑149 (MQ=255) cccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAg > 2:3231299/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGCCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCa < 1:1268513/132‑1 (MQ=255) cGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCt > 2:2736233/1‑150 (MQ=255) accGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGc > 1:991902/3‑150 (MQ=255) accGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGc > 2:294179/3‑150 (MQ=255) tCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGcc > 1:2460014/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGTTGACCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGccc > 2:887997/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCg > 1:4538025/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCg > 2:559121/1‑150 (MQ=255) aGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGa < 2:4590465/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGAc < 2:3391894/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGAc < 1:3479204/150‑1 (MQ=255) tGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTGTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCt > 2:3893884/1‑150 (MQ=255) gTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCTAGCTAGGCCCGACCTCg > 2:3145382/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa > 1:1943149/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa > 2:3787594/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa > 2:4705679/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa > 2:4705666/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa > 2:1873657/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCa < 2:120252/150‑1 (MQ=255) | ACCCGTCTCGATACCGATGAAATACCCAGCGACGCAGACTTGCGCCCAGGTGCTGCCTGCAAGCCAGTGCAGCATGTGGCAGCCGGCAGCAATGATGCCGTCGCGGGTTGGCGTTCGGACTGGCTGCCACCCGGTTTCGAGCTGGTCAACAGCTCGGTACGCCGTGATCCCAAGCACAACAGTTCGGTCAGCAGCCTGATGTATGACGACGGCCTGGCGCGTTTTTCGGTGTTCATCGAGCAAGTGAGCGATGATGGCGGCACCGACATGCGCACCCAGCTAGGCCCGACCTCGGCA > NC_002947/1629076‑1629372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |