Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,645,927 | T→A | 9.4% | Q491L (CAG→CTG) | gcd ← | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,645,927 | 0 | T | A | 9.4% | 394.3 / 24.1 | 128 | Q491L (CAG→CTG) | gcd | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/60); new base A (5/7); total (61/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CCACTGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGG > NC_002947/1645778‑1646076 | ccACTGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCggct < 1:1209345/150‑1 (MQ=255) ccACTGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCggct > 1:533025/1‑150 (MQ=255) ccACTGCGACTTGTGGGGTGGGGATCTCGAGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGCTACGATGATCGCAGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGTTTCggct < 2:3676042/150‑1 (MQ=255) 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CCACTGCGCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGG > NC_002947/1645778‑1646076 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |