Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,649,001 | C→G | 9.0% | intergenic (‑238/+58) | oprB‑II ← / ← PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,649,001 | 0 | C | G | 9.0% | 379.9 / 19.1 | 120 | intergenic (‑238/+58) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/56); new base G (7/4); total (60/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGT > NC_002947/1648852‑1649150 | aTGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGc < 2:2405344/150‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGccc > 2:1673912/1‑150 (MQ=255) gTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCa < 2:2079759/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |