| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,712,993 | 0 | T | A | 10.2% | 313.2 / 22.9 | 117 | intergenic (+34/‑106) | adk/tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/57); new base A (5/7); total (53/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGT > NC_002947/1712844‑1713140 | ggATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCtt < 2:104362/150‑1 (MQ=255) ggATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCtt < 2:2841541/150‑1 (MQ=255) aTTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGc < 1:101199/150‑1 (MQ=255) 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cGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGa < 1:4195866/150‑1 (MQ=255) aaacGACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTGATTAGCACCTGGAT‑ACCCGTTAGCTGACCACCCTGCAGGGCCGGGATAcc > 1:2393617/4‑150 (MQ=255) aaacGACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc > 1:249953/4‑150 (MQ=255) cTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCg > 2:3194398/1‑150 (MQ=255) tCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGc > 2:3251640/1‑150 (MQ=255) gACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTATGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCAGCAGCTCTATACTGCCCCTCTTTTTAATTAGCACCTGGAT‑ACCCCGTCGATGACCACCCAGCTGGCCCTGGATACCGCCa > 1:1473931/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 2:64635/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGa < 2:1671271/139‑1 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGa > 1:1671271/1‑139 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 1:5070507/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAg > 1:1963681/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTAGCACCTGGAT‑AACCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCGGGATACCGCCACCGaac > 1:2798090/1‑149 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTAGCACCAGGAT‑ACCCGTTAGATGAACACCCAGCTGGCCCAGGATACCGCCACCCAAg > 1:1793115/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGc < 1:3644027/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCt > 2:4751260/1‑150 (MQ=255) gCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGt < 1:2171292/150‑1 (MQ=255) | TGGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGAT‑ACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGT > NC_002947/1712844‑1713140 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |