| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,712,994 | T→A | 10.1% | intergenic (+35/‑105) | adk → / → tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,712,994 | 0 | T | A | 10.1% | 346.6 / 22.8 | 117 | intergenic (+35/‑105) | adk/tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/57); new base A (5/7); total (53/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGT > NC_002947/1712845‑1713140 | ggATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCtt < 2:104362/150‑1 (MQ=255)ggATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCtt < 2:2841541/150‑1 (MQ=255) aTTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGc < 1:101199/150‑1 (MQ=255) 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aGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGtt < 1:2450678/150‑1 (MQ=255) aGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTACACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGtt < 1:1525748/150‑1 (MQ=255) cccTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCg > 2:4062884/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCTGATCCGGCGCCTGGCGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGa < 2:836332/150‑1 (MQ=255) cTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGAt < 2:1657847/150‑1 (MQ=255) tGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTTGGCCGCACAGCGCCCCCACAGGACACAACCCCGCGGCTGCGCGATACAGCCGCTCGTTTTGATTGGGACCGGGATAACCCTTCGATg > 1:1384545/1‑150 (MQ=255) gCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGacc > 1:764420/1‑150 (MQ=255) cTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGacca < 2:3719579/150‑1 (MQ=255) tGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAAcgc > 1:3341881/1‑89 (MQ=255) tGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAAcgc < 2:3341881/89‑1 (MQ=255) cGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCctgc < 1:697766/150‑1 (MQ=255) gACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTg < 1:3556114/150‑1 (MQ=255) aCGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTgg < 1:2422151/150‑1 (MQ=255) ccTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc < 2:1452900/150‑1 (MQ=255) aaacGACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc > 1:249953/4‑150 (MQ=255) cTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCg > 2:3194398/1‑150 (MQ=255) tCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGc > 2:3251640/1‑150 (MQ=255) gACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTATGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCAGCAGCTCTATACTGCCCCTCTTTTTAATTAGCACCTGGATACCCCGTCGATGACCACCCAGCTGGCCCTGGATACCGCCa > 1:1473931/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 2:64635/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 2:2665105/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGa > 1:1671271/1‑139 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGa < 2:1671271/139‑1 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAg > 1:1963681/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTAGCACCAGGATACCCGTTAGATGAACACCCAGCTGGCCCAGGATACCGCCACCCAAg > 1:1793115/1‑150 (MQ=255) ccGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCt > 2:4751260/1‑150 (MQ=255) gCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGt < 1:2171292/150‑1 (MQ=255) | GGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCCCTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGT > NC_002947/1712845‑1713140 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |