| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,780,143 | A→C | 8.5% | intergenic (+60/+46) | PP_1587 → / ← dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,780,143 | 0 | A | C | 8.5% | 143.9 / 4.5 | 47 | intergenic (+60/+46) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/11); new base C (2/2); total (34/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
TCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCC > NC_002947/1779999‑1780292 | tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgc < 1:2522895/150‑1 (MQ=255) cAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcg < 1:3359729/150‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCt < 1:4681936/150‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACACGTAATGCGCTGCGCATGAAATCAACGCt > 2:4312087/1‑150 (MQ=255) cACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTg < 1:4033824/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc < 1:930868/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCCCTCCCACACGTAAGTCGCGGCGCTTGAAATAAGCGCTGTAc > 1:3686333/1‑150 (MQ=255) tggtggGGGATGTGGTGGTGCGGCTAGTACTGGGTGAGCTGGTTTTGAGTGAGGCGATCCTGGGTTCAGTCATGTAGACCCTTTCAAGGCCCTTGGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGATATCAGCGCTGTAcc < 2:203192/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg‑t < 1:1557468/150‑1 (MQ=255) tggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg‑t < 1:553067/150‑1 (MQ=255) ggggTTGTGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGTGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑Tgg < 1:3883468/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCCCCGGTACTGCGCGGCGGGTGGAATCAGCGCGGTGACTG‑Tgg > 1:2401824/1‑150 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACCGGGACAGCGCTGCGCTTGAAATCACCGCGGTAACGG‑Tgg > 1:2401825/1‑150 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAGCGCAGCGCAGTACCTG‑Tgg < 1:2035980/150‑1 (MQ=21) aTGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGc < 1:2669386/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCgg < 1:4352409/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAGCGCAGCGCAGTACCTG‑TGGGAGCgg < 2:441015/150‑1 (MQ=21) ggtggtGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAACAG‑TGGGAGCGGGc > 1:3313696/1‑150 (MQ=255) ggtggtGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCAGTACCAG‑TGGGAGCGGGc > 1:3313594/1‑150 (MQ=255) tACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTACGCGGCCGCGCCCGCTCACAAAGGTACAGCGCAGCGCTTGAAATCAGAGCAGTACCAG‑TGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAAggg > 1:2976216/1‑150 (MQ=255) ggTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCCCGCCCACCAGTACAGCGCGGGGCGTGAAAAAAACCCGGTAACGG‑TGGGGGCGGGGGGGGCCGCGGAGGGGGTgt > 1:1034453/1‑149 (MQ=255) cTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCCCTCCCACAGGGACTGGGCAGCGCGTGTAATAAGCCCGGTAACGGTTGGGGGGGGGCGGGCCCCCG‑AGGGGGTGTTCAGCg > 1:2357828/1‑150 (MQ=255) gATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACACGGACAGCGCTGCGCGTGAAAAAAGCGCAGTTCCAG‑TGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAACGGGTTGGTCAGCGGtt > 1:1154511/1‑150 (MQ=255) tgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAATGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGa > 2:3511887/1‑150 (MQ=255) gCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTTAAATCAGCGCTTTAACTT‑TGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAACGGGTTGAACACCGGTTTTGCAGGAAGgc > 2:3937483/1‑150 (MQ=38) aGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCCCTCCCACAGGTAATGCCCAGCCCGTGCAATAAGCGCTGTACCAG‑TGGGAGCGGCCGTGCCCCCGAAGGGGTTGAACACCGGATTAGAAGGAAGGCCCGAAAGCGCAacgcctca > 2:329338/1‑147 (MQ=255) aTCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCAAAGGTACTGCGCTGCGCGTGAAATCCCCGCTGTACCGG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGGAGGGGGTGATCAGCCGTGTTGCGGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCAtt > 2:4978599/1‑150 (MQ=37) gggCGCGCCCGCTCCCACACGTACTGCCCCGCGCGTGAAATACCCCCCGTACCAG‑GGGGAGCGGGCGTGCCCCCGCAGGGGGTGATCAGCCGGTTTTCAGGGAGGCGCGAAAGCGCACCGCCCCCTCGATGCATTCCGCCCCCGGTGCaa > 2:1403564/1‑150 (MQ=255) gcgcCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAg > 2:3522682/1‑150 (MQ=255) acgcCCGCTCCCACCGGTACAGCGCTGATTTCAAGCGCAGCCCAGTACCTG‑TGGGAGCCGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCCGGAAGGCGCGAATGCGCACCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAg > 2:4473450/2‑150 (MQ=18) acgcCCGCTCCCACACGTACAGAGCTGATTTCAATCGCAGCGCAGTAACTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGGTTGAACAGCGGTTTTTCAGGAATGCCCCAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCAATCGGCCACCGGTGCAACCaa > 2:4473106/2‑149 (MQ=19) ccGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGcc > 2:301536/1‑150 (MQ=255) ccACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgcgc > 1:2106983/1‑150 (MQ=255) cacaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCa > 2:5035270/1‑150 (MQ=255) cacaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCa > 2:874701/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:1121758/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:3826808/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:2996155/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:1317749/1‑150 (MQ=255) aGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAcgc > 1:1126461/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:3754009/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:2409102/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:4001991/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcgcTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGAGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCgg > 2:4520175/1‑150 (MQ=255) cgctgcgctTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCa > 1:3960333/1‑150 (MQ=255) tgcgctTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCAccc > 1:2713673/1‑150 (MQ=255) ttGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGtt > 1:3462977/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCAccc > 1:1941426/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCAccc > 2:4586828/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCAccc > 1:1941249/1‑150 (MQ=255) | TCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTG‑TGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCC > NC_002947/1779999‑1780292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |