Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,921,591 | T→A | 23.1% | intergenic (+24/+37) | PP_1720 → / ← PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,921,591 | 0 | T | A | 23.1% | 231.4 / 71.1 | 117 | intergenic (+24/+37) | PP_1720/PP_1721 | alcohol dehydrogenase/phosphoserine phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/43); new base A (18/9); total (65/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGGCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921442‑1921740 | gggCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt < 1:4116095/150‑1 (MQ=255) gggCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGtt < 1:3764845/150‑1 (MQ=255) gTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTA‑ccc < 1:3622855/150‑1 (MQ=255) 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cccTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACtctc > 1:657685/1‑140 (MQ=255) cccTTCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 2:1384354/1‑150 (MQ=255) cccTTCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 1:2601873/1‑150 (MQ=255) cccTTCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCAGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACg > 2:4191320/1‑150 (MQ=255) cattCGCGGGTAAA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACgg > 2:2355129/3‑150 (MQ=255) 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ttA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTcc > 1:2558357/1‑150 (MQ=255) | GGGCGGTTGTCGCCGCAGCTGGTCGACACCTATCCGGTGGAGTTTGCCCAGGCGGCGTATGCCGAGCTGGAGACCAACCAGGTGTCGGGCAAGCTGGTGATGGTGATCGACCCTAGCCTGGTGTAAGCGGGGCTGGCCCCTTCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGGGGCCGGCACAGCCCATAAAAACCTTCAGCTCCAGCTCAGAGTCGGCCACCCATTGATCTCGGCATGCTCGCGCAACACTGCGTCCGGGTTCACCACATGCGGGTGATCCACTCTCAACAACAACGGCAAGTCATTCC > NC_002947/1921442‑1921740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |