Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,942,418 | T→A | 5.3% | intergenic (+53/‑152) | betX → / → yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,942,418 | 0 | T | A | 5.3% | 356.2 / 8.2 | 113 | intergenic (+53/‑152) | betX/yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/44); new base A (3/3); total (64/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.08e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACAAAAA > NC_002947/1942269‑1942567 | gATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGt < 2:668101/150‑1 (MQ=255) gATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGt < 1:5033150/150‑1 (MQ=255) gATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGt < 1:5033236/150‑1 (MQ=255) 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tGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACaaaaa > 2:2475685/1‑150 (MQ=255) | GATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGACAAAAA > NC_002947/1942269‑1942567 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |