Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,944,574 | T→A | 5.7% | intergenic (+32/+230) | actP‑I → / ← PP_1744 | acetate permease/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,944,574 | 0 | T | A | 5.7% | 468.8 / 12.8 | 140 | intergenic (+32/+230) | actP‑I/PP_1744 | acetate permease/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/69); new base A (5/3); total (67/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CTGGTTCTTCTCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATGGAGGACGGCACATTTGGGGGCTGGTCAATGAAGCCATACTGTTTAATCACCTTCGC > NC_002947/1944425‑1944723 | cTGGTTCTTCTCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCtt > 1:2031550/1‑150 (MQ=255) ggTTCTTCTCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGt > 1:1199933/1‑150 (MQ=255) tcttctCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCgg > 1:2316407/1‑150 (MQ=255) cttctCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCggg < 1:2512925/150‑1 (MQ=255) ttctCGGTCACCGACACGTCCACGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCGGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCgggg < 1:266137/150‑1 (MQ=255) ttctCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCgggg < 1:1029257/150‑1 (MQ=255) ttctCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCgggg > 1:3167623/1‑150 (MQ=255) tctcGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGc > 1:2835343/1‑150 (MQ=255) 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gTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGACAAGCGGGGCGtttt < 1:3724876/150‑1 (MQ=255) aCCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTa > 2:3777132/1‑150 (MQ=255) ccGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTAt < 1:2543710/150‑1 (MQ=255) ccGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGACAAGCGGGGCGttttcaat < 1:4547196/150‑5 (MQ=255) gACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAAGCCCCCGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTCttt < 1:1859493/150‑1 (MQ=255) 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cTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCt > 1:2202666/1‑150 (MQ=255) tGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCtt > 1:1126682/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATg < 1:214977/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATgga > 2:4400006/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATgga < 2:2577972/150‑1 (MQ=255) 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tGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATGGAGGACGGCACATTTGGGGGCTGGTCAATGAAGCCATACTGTTTAATCACCTTCGc < 2:4084861/150‑1 (MQ=255) | CTGGTTCTTCTCGGTCACCGACAAGTCCAAGGCGGCTGAGGATGAGCGCGCGCTGTTCTTCCCGCAGTTCGTGCGTTCGCAGACTGGCCTGGGTGCCAGCGGGGCGGTCTCGCACTAACATCAATCCCCTGCATTGAAAACGCCCCGCTTGTCGGGGCGTTTTTTATTTCATGCAGTCGGCGATGGCCTCCAGACAGGTTGGTGCTCTGCCCATGCTCCCCTCATGTCGTGAGCGCCTTCATGGAGGACGGCACATTTGGGGGCTGGTCAATGAAGCCATACTGTTTAATCACCTTCGC > NC_002947/1944425‑1944723 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |