| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,173,633 | 0 | G | A | 5.7% | 439.8 / 10.5 | 140 | intergenic (+203/+200) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (75/57); new base A (4/4); total (79/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCA > NC_002947/2173485‑2173781 | gTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCtggt > 2:4876046/1‑150 (MQ=255) gggTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCACCAGCTGTCGACAGCTGATGGTa < 2:615398/150‑1 (MQ=255) gggTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCACCAGCTGTCGACAGCTGATGGTa < 2:4102735/150‑1 (MQ=255) 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cGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATa < 2:2097601/150‑1 (MQ=255) tCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAgc < 1:15530/150‑1 (MQ=255) cATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCAt > 2:1045252/1‑150 (MQ=255) cATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGAACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCAt > 2:1573226/1‑150 (MQ=255) tGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATcc > 1:924212/1‑150 (MQ=255) 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aCTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGt > 1:2096379/1‑150 (MQ=255) tGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGa > 2:556113/1‑150 (MQ=255) ggCTACCATCAGCTGTCGACCGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCACCCCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAt < 2:3977605/150‑1 (MQ=255) tACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGc > 1:949739/1‑150 (MQ=255) tACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGc > 2:1701835/1‑150 (MQ=255) tACCACCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGGTTGCGGTAAGGGCCGGCCCCCCCAACCCGGCTGCGGGGCGCCGCCCGGGGGGGTGGGTGGCCGCCCCCCCGGCGCGGGCCGCGTTGGGGCgggggg > 2:2725859/1‑145 (MQ=255) aCCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCa < 1:2539011/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCTGTCGACAGCTGATGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAg > 2:227393/1‑150 (MQ=255) caccAGCTGTCGACAGCTGATGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGc > 1:232931/4‑150 (MQ=255) cATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGc < 2:4401451/150‑1 (MQ=255) cATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGc > 2:3929306/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGcc > 2:3352796/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCg > 2:2031379/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCg > 2:907376/1‑150 (MQ=255) tCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGa < 1:3614410/150‑1 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACa > 1:4968405/1‑150 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACa > 1:1789442/1‑150 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACa > 2:4160525/1‑150 (MQ=255) aCAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAg > 2:2037086/1‑150 (MQ=255) aCAGCTGATGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCa < 2:4757212/144‑1 (MQ=255) aGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGc < 1:3813352/150‑1 (MQ=255) ggtggtACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTATGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGACCGGCTGCa < 2:1250435/150‑1 (MQ=38) | GTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGACAGGCCGCA > NC_002947/2173485‑2173781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |