Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,253,243 | T→C | 5.8% | G203G (GGT→GGC) | leuC → | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,253,243 | 0 | T | C | 5.8% | 720.8 / 20.1 | 225 | G203G (GGT→GGC) | leuC | 3‑isopropylmalate dehydratase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/104); new base C (8/5); total (116/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGCCATGGAATTCGCAGGCAGTGCCATTCGCGAATTGTCGATGGAAGGCCGCATGACCATCTGCAACATGTCCATCGAAGCCGGCGCCCGCGTGGGCCTGGTGGCAACCGATGCCACTACCGTTGCCTACGTCGAAGGGCGCCCGTA > NC_002947/2253095‑2253392 | tCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTc > 1:2894101/1‑150 (MQ=255) tCGAGCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTc > 2:1248234/1‑150 (MQ=255) gCACGTGCTCGCCACCCAGTGCCTGGTCGCCAAGAAGATGAAGAACATGCTGGTGCGCGTGGAAGGCCAATTGCCTGCCGGCGTCACCGCCAAGGATATCGTGCTGGCCGTGATCGGCAAGATCGGCACCGCCGGTGGCAACGGTCACGc < 2:262748/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |