| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,275,045 | C→T | 7.2% | intergenic (+45/+246) | PP_2003 → / ← PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,275,045 | 0 | C | T | 7.2% | 296.2 / 9.3 | 101 | intergenic (+45/+246) | PP_2003/PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/49); new base T (4/3); total (49/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCAAAG > NC_002947/2274896‑2275194 | gATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc < 2:3506655/150‑1 (MQ=255)gATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc > 2:2035771/1‑150 (MQ=255) aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGcc < 1:3359410/150‑1 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCg < 2:3785242/150‑1 (MQ=39) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGCAAGGGCCg > 1:2753468/1‑150 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCg > 1:2829573/1‑150 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCg > 1:4251119/1‑150 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:2001929/150‑1 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:847858/150‑1 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 1:3911330/150‑1 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:3999541/150‑1 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg > 2:4124377/1‑150 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTGTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:3999545/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCa < 1:4891915/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCGTTCGCCGGCCGCCCGCGCAAGGGCCGGGTCAg > 1:4021633/1‑150 (MQ=255) cAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAgg < 1:4620568/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAgg < 1:4113022/150‑1 (MQ=255) cAGGGGTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCAGTCAGGTGCAGCAGGATGCCCCGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTGTGAGGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAgg < 2:4532114/150‑1 (MQ=255) ggTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTg > 2:4575434/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGAAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTg > 2:1513602/1‑150 (MQ=255) ccccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATACCCTGTTa > 2:1103633/1‑150 (MQ=255) ccacgccgGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTACCCGGCAGCCCCCCAAAGGGCCGGTTCATGCTGTAAACATCCCCAGTTa > 2:1103477/4‑150 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGGTGGGTCGCCTGTACCGGCCCGTTCGCCGGCCGCCCGCGCAAGGGCCGGGTGAGGCTGTAAAAATCCCCCGTTaa > 1:3955703/1‑149 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGCAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTAc > 2:2479478/1‑150 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCGTTTGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCGGTTAc > 1:2008507/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACa < 1:552564/150‑1 (MQ=255) gccggccgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGa < 1:1871976/150‑1 (MQ=255) cgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAACGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCAGTTACAGACGcccc > 2:6513/1‑150 (MQ=255) cgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCCCGCAAGGGGCGGGTCAGGCTGTAAACATACCCAGTTAAAGACGcccc > 1:593951/1‑150 (MQ=255) cgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCGTTCGCCGGCCGCCCGCGCAAGGGCCGGTTCCGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGcccc > 2:6518/1‑150 (MQ=255) cgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCGTTCGCCGGCAGCCCGCGACAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCGGTTACAGACGcccc > 2:6853/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGCTGCCCAGCCGGCCGCGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCcg < 1:2124557/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCcgc < 1:1876992/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCAGTAAACAACCCCGGTTACAGACGCCCcgc > 1:3704762/1‑150 (MQ=255) gCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGa < 2:4613336/150‑1 (MQ=255) cTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAt < 1:326109/150‑1 (MQ=255) cTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAt < 2:2473679/150‑1 (MQ=255) cTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCACCGCCCCCTCCCTTGGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAt < 2:3372243/150‑1 (MQ=255) gCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAAACGACCCTTTAGCCGGCAGCCCGCGGCAGGGCCGGTTGAGGCTGTAAACAAACCCTGTTACAGAAGCCCCCCGCTaa > 1:3438641/1‑150 (MQ=255) aaccAGTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCCAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATCACt > 2:4663440/3‑150 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACt > 2:1335999/1‑150 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCCTTCGCCGGCCGCCCGCGCAAGGGCCGGGTCAGGCGGGTAACAACCCCGGGTACAGACGCCCCCCGATAACt > 1:2410134/1‑150 (MQ=255) ccATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCTCCGACCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCTACCCTTTCTCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCACTGTTACAGACGCCCCGCGATAACttt < 2:2239682/150‑1 (MQ=255) cATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCTGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTc < 1:4649833/150‑1 (MQ=255) cATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTc < 2:1072526/150‑1 (MQ=255) cATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTc < 2:2255552/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 1:1819334/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 1:2728033/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 1:4382855/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 2:2829573/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 2:2482182/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTg < 1:2483638/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAaca < 1:3051014/150‑1 (MQ=255) agcagGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGTACCCACCCGTTGGCCGGCCGCCCCCGAAAGGGCCGGGTCAGGCTGTAAAAATCCCCAGTTAAAGACGCCCCCCGCGAACATTCTGAACACCAGc > 1:4852970/1‑150 (MQ=255) gATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCGACGt > 1:1165375/1‑150 (MQ=255) aTGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGtt < 2:572999/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGttt < 2:274846/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 1:2279354/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 2:5068665/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 2:2752618/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTGTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 2:5068699/150‑1 (MQ=255) cggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCGGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCa > 2:4444111/1‑150 (MQ=255) ggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGGTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCAt < 2:2027406/150‑1 (MQ=255) gccgccCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtca < 2:618026/150‑1 (MQ=255) ccccTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCatcatc < 1:2022910/150‑1 (MQ=255) cctccctTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATccc > 2:104539/1‑150 (MQ=255) cctTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCa < 1:3746087/150‑1 (MQ=255) ctTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 1:5033337/150‑1 (MQ=255) tttGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATc > 2:1905994/1‑150 (MQ=255) tttGATGGGTCGCCTGAACCGACCCATTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTATGAACAACTGCTACGTTTACCACTAATAAGCTTGTAATCATCCCTTCATc > 2:1906010/1‑150 (MQ=255) gTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCAGc > 2:2448532/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCt < 1:4251249/150‑1 (MQ=255) tGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGc < 1:1335999/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCAT‑AGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGaa > 2:1823675/1‑150 (MQ=39) cGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTGCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAg > 1:2559267/1‑150 (MQ=255) ggcccTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAgg > 2:640531/3‑150 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGc > 1:118433/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGc > 1:3146998/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGc > 1:3147153/1‑150 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGc > 1:3147087/1‑150 (MQ=255) ccctgcGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGCTTCAGGCTGTCACCAGCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTGTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGa < 2:2753468/145‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGa < 2:3438641/150‑1 (MQ=255) cTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGAt > 1:4162763/1‑150 (MQ=255) cTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGAt > 1:4162533/1‑150 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGt < 1:4774136/110‑1 (MQ=38) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGt > 2:4774136/1‑110 (MQ=38) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 1:1011505/1‑150 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 1:728981/1‑150 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCt < 2:1550558/120‑1 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCt > 1:1550558/1‑120 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 1:3539670/1‑150 (MQ=255) tttCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAAAACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 2:1228488/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAg < 2:4239956/150‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTAACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAg < 1:2597898/150‑1 (MQ=255) gcgAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCaaaa > 2:3558601/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGa < 2:2944330/150‑1 (MQ=255) aaGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAg > 2:3152479/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCaaa > 2:3653727/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCCTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCaaa > 1:4213156/1‑150 (MQ=255) ccGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCAAag > 2:3334304/1‑150 (MQ=255) | GATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCAAAG > NC_002947/2274896‑2275194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |