| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,284,702 | 0 | T | G | 15.9% | 231.6 / 33.0 | 93 | intergenic (‑129/+100) | PP_2010/PP_2011 | cytochrome b561/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/71); new base G (3/12); total (10/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGTGGGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCAGATAGGGCCAGTCATCACCCACCAGAAACAC > NC_002947/2284553‑2284846 | ggtggGGGGGGATGAAACCATGAGTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCt < 2:4761948/150‑1 (MQ=255) gtggGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTg < 2:893170/150‑1 (MQ=255) gtggGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTg < 1:2165379/150‑1 (MQ=255) gtggGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTg < 2:3903490/150‑1 (MQ=255) gggATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGcc < 2:4800870/150‑1 (MQ=255) gAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTc < 2:357332/150‑1 (MQ=255) gAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTc < 1:3908227/150‑1 (MQ=255) aaaCCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTcc < 1:4047594/150‑1 (MQ=255) 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aTGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTCGCCTG‑CTCCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGt < 1:512335/150‑1 (MQ=38) aTGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTCGCCTG‑CTCCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGt < 1:512340/150‑1 (MQ=38) gATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCTCTCTGGAGTCATTTTAATGGCTACCTGATAGAGATCTTTGCGGCAGGTCTGTGAAAATTGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTc < 2:4152335/150‑1 (MQ=255) gATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCCCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTc < 2:3376958/150‑1 (MQ=255) aTTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTcc < 2:5045936/150‑1 (MQ=255) 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tACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGTAGCCTGTGCAGTTGGACTGGGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGc > 2:4340313/1‑150 (MQ=255) gAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCGTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCACCTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAg < 2:1682701/150‑1 (MQ=255) aGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCCTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCAGAGTGTTGGAAGCCTGTGGAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGGCGGAGCAGGc > 2:3915857/1‑150 (MQ=37) tttGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACACTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGGAGGGGCCGGAGCAGGCGACag > 2:295977/1‑149 (MQ=255) tGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCa < 2:3367501/150‑1 (MQ=255) 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GGTGGGGGGGGATGAAACCATGATTGGTCCTCGTCATCAGGTCTGAATGGCGCTCTTGCTGGCGCTCAGGAGTCATTTTAATGGCTACCGGAAACAGATCTTTGCGCCAGGTCTGTGAAAAATGTGTTGCCAGCCACCGGCCTCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGTCCAACTGCACAGTCTTGGAAGCCTGTGCAGTTGGACTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGAGCAGGCGACATCAGTTACCGGGCAGATAGGGCCAGTCATCACCCACCAGAAACAC > NC_002947/2284553‑2284846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |